La théologie égyptienne entreprit un effort de classement de ses mythes, notamment en groupant les dieux en collèges. Le plus célèbre de ces groupements est l'ennéade, ainsi appelée parce qu'elle se composait primitivement de neuf dieux. Inventée à Héliopolis, l'ennéade fut adoptée peu à peu par un grand nombre de clergés, qui la transformèrent selon leurs besoins.
La théologie héliopolitaine était centrée sur le dieu Soleil adoré sous les trois formes de Rê, d'Atoum et de Khépri. Atoum était supposé avoir créé le monde à partir d'une pierre qui, à l'origine des temps, aurait surgi du chaos : le Noun. Cette pierre était nommée pierre Benben (d'une racine égyptienne qui signifie surgir), et devait inspirer la construction des obélisques. Le démiurge qui s'était « créé lui-même » fit surgir de lui le premier couple divin : Shou (l'air) et Tefnout (l'humidité). Shou et Tefnout mirent au monde Geb (la terre) et Nout (le ciel). Une représentation égyptienne montre Nout en arc de cercle, s'appuyant des pieds et des mains sur Geb allongé, Nout étant séparée de celui-ci par Shou. Shou aurait également mis au monde les Hehou, étais du ciel, symbolisant des éléments primordiaux, telle l'Ogdoade hermopolitaine. Puis furent engendrés les couples bien connus : Osiris et Isis, Seth et Nephtys, principaux acteurs du drame osirien. L'ennéade constitue une seule émanation du démiurge. Le seul personnage vraiment actif de l'ennéade est Shou, la lumière, qui sépare le ciel (Nout) de la terre (Geb). Selon certaines traditions, la voûte céleste aurait été soutenue par des divinités particulières : les Hehou (ce qu'on peut traduire par « Infini »), qui seraient nés de Shou et qui constituent quatre éléments primordiaux, chacun ayant un aspect masculin et un aspect féminin. Le papyrus Bremner Rhind contient un texte théologique traitant du problème de la création et conçu dans une optique héliopolitaine : « Ainsi parla le Seigneur de l'Univers : « Quand je me fus manifesté à l'existence, l'existence exista. Je vins à l'existence sous la forme de l'Existant, qui est venu à l'existence, en la Première Fois. Venu à l'existence sous le mode d'existence de l'Existant, j'existai donc. Et c'est ainsi que l'existence vint à l'existence, car j'étais antérieur aux dieux antérieurs que je fis, car j'avais l'antériorité sur ces dieux antérieurs, car mon nom fut antérieur au leur, car je fis l'ère antérieure ainsi que les dieux antérieurs. Je fis tout ce que je désirai en ce monde et je me dilatai en lui. Je nouai ma propre main, tout seul, avant qu'ils ne fussent nés, avant que je n'eusse craché Shou et expectoré Tefnout. »
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