Deuxième président de la République sud-africaine postapartheid (de 1999 à 2008), Thabo Mbeki est né le 18 juin 1942 à Idutywa, au Transkei (dans la province actuelle du Cap-Est), au sein de l'ethnie xhosa. Il est le fils de Govan Mbeki, un des leaders de l'African National Congress (A.N.C.) et ancien prisonnier politique de Robben Island (1963-1987) avec Nelson Mandela.
Influencé par son père et par le contexte politique dans lequel il vit, Mbeki fait très tôt ses premiers pas dans la lutte antiapartheid. Lycéen à Lovedale (Cap-Est), il participe à diverses grèves estudiantines contre la loi de 1954 qui imposait aux Noirs une éducation ségréguée. Dès 1956, il adhère à la Ligue des jeunes de l'A.N.C. Pour ses premières actions contre le régime d'apartheid, il est renvoyé de son établissement scolaire. En 1961, il fonde l'Association des étudiants africains, une organisation d'étudiants pro-A.N.C., qui est interdite en 1962. Durant ces deux années, il agit en tant que secrétaire de l'organisation et mobilise les étudiants dans les établissements scolaires contre le système d'apartheid.
Ses capacités d'organisateur politique lui valent d'être reconnu par ses pairs (Walter Sisulu, Nelson Mandela, Oliver Tambo et son père Govan Mbeki) et présagent déjà de sa future élection. Au lendemain de l'arrestation, en 1961, des plus hauts responsables politiques de l'A.N.C., il quitte le pays sur ordre de l'organisation, interdite depuis l'année précédente. Après avoir commencé ses études supérieures par correspondance avec l'université de Londres, il les poursuit, à partir de 1962, à l'université du Sussex (Royaume-Uni) où il obtient un diplôme de troisième cycle en économie (1966). Son exil politique dure près de trente ans (de 1962 à 1990).
Après un passage au bureau londonien de l'organisation, il est envoyé en 1970 en U.R.S.S., pour recevoir un entraînement militaire et une formation à l'Institut des sciences sociales à Moscou ; à son retour, il rentre dans la branche armée de l'A.N.C […]
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