3. Affinités des Stomocordés : les Deutérostomiens
La division du corps en trois parties pourvues chacune de cavités cœlomiques et la forme larvaire des Entéropneustes constituent des ressemblances profondes avec les Échinodermes. Si le diverticule œsophagien n'est plus considéré comme homologue d'une corde dorsale, par contre, les perforations pharyngiennes des Entéropneustes et de Cephalodiscus justifient le rapprochement avec les Cordés, rapprochement renforcé par l'existence d'une portion dorsale tubulaire du système nerveux dans le collier. La division du corps en trois parties et la disposition du cœlome rapprochent aussi les Entéropneustes des Pogonophores. Ce rapprochement ne fait pas toutefois l'unanimité chez les spécialistes.
Quoi qu'il en soit, les Stomocordés appartiennent au vaste ensemble des Deutérostomiens, aujourd'hui reconnu par la plupart des zoologistes, parmi les Métazoaires.
Il faut en effet rappeler que les animaux pluricellulaires, si l'on met à part aussi bien les Spongiaires que les Cœlentérés, se divisent en deux ensembles qui s'opposent par quelques traits fondamentaux du développement.
Les Protostomiens ont une segmentation spirale (cf. embryologie) ; leur bouche correspond au blastopore et le cœlome, lorsqu'il existe, provient du creusement secondaire d'une paire de massifs de cellules mésodermiques. Les Protostomiens, qui se rattachent aux Plathelminthes, comprennent essentiellement les embranchements de la série annélidienne (cf. annélides, arthropodes, mollusques). Aux Protostomiens s'apposent les Deutérostomiens chez lesquels la segmentation est toujours radiaire, la bouche ne dérive pas du blastopore, tandis que le mésoderme, détaché de l'endoderme, s'isole d'emblée en vésicules creuses. Les Deutérostomiens ont comme groupe central les Échinodermes, auxquels on a rattaché un certain nombre d'Invertébrés, ainsi que les Cordés.
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