6. Relations de parenté
Les relations de parenté à l'intérieur de chaque grand groupe de stégocéphales (temnospondyles, seymouriamorphes, diadectomorphes, et lépospondyles) sont assez bien cernées, mais ce n'est pas le cas de leurs relations avec les amniotes et les lissamphibiens, dont les origines respectives demeurent très débattues. Deux principales phylogénies s'opposent ; l'une suggère de rechercher l'origine des lissamphibiens parmi les dissorophoïdes (groupe de temnospondyles aquatiques évoquant les salamandres), l'autre parmi les lépospondyles. Pour certains auteurs, l'origine des lissamphibiens serait à rechercher chez ces deux groupes. Concernant l'origine des premiers amniotes (reptiles), le problème persiste également entre seymouriamorphes, anthracosaures et diadectomorphes, bien qu'un contresens se soit formé autour des diadectomorphes. Il semble cependant que ces interrogations soient plutôt d'ordre méthodologique : les bases de données anatomiques ayant mené à ces conclusions ont souvent été dressées sans vérifications apportées par les spécimens fossiles eux-mêmes. La recherche de fossiles sur le terrain, dans des couches du Paléozoïque, apportera sans doute de nouveaux éléments de réponse.
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