3. Phylogénie
Les relations de parenté entre les divers groupes de sarcoptérygiens actuels et fossiles sont toujours l'objet d'importantes recherches, car elles conditionnent l'étude de l'émergence des tétrapodes et de l'adaptation des vertébrés à la vie en milieu terrestre. Au début du xixe siècle, les premières hypothèses scientifiques sur l'homologie des os des nageoires paires des poissons et des membres des tétrapodes, notamment celles d'Étienne Geoffroy Saint-Hilaire (1772-1844), se fondaient sur un actinoptérygien primitif, le polyptère bichir (Polypterus bichir, Geoffroy Saint-Hilaire 1809 ; cf. actinoptérygiens), comme modèle possible d'un poisson ancêtre des tétrapodes. Au cours du xixe siècle et au fur et à mesure de leur découverte, les dipneustes actuels furent progressivement considérés comme les plus proche parents des tétrapodes, voire comme leurs précurseurs, en raison de ce que l'on pensait être des choanes, mais surtout de leurs poumons et de leurs nageoires monobasales. Puis, la découverte de sarcoptérygiens fossiles, rassemblés en 1861 par Thomas Henry Huxley (1825-1895), avec les polyptères actuels, sous le nom de « crossoptérygidés », conduisit peu à peu à l'abandon des dipneustes comme précurseurs des tétrapodes, au profit de certains poissons fossiles apparemment plus proches des tétrapodes par la structure plissée de leurs dents, l'organisation des os de leur crâne, la présence de choanes vraies et surtout la structure du squelette de leurs nageoires paires qui préfigure celle du membre chez les tétrapodes. À l'aube du xxe siècle, ces « crossoptérygiens » fossiles, en particulier l'ostéolépiforme dévonien Eusthenopteron (fig. 2h), étaient unanimement reconnus comme les ancêtres des tétrapodes, tandis que les affinités des dipneustes étaient âprement discutées, certains les plaçant même parmi les chondrichthyens (raies, requins et chimères).
Les actinistiens, qui n'étaient alors connus qu'à l'état fossile, étaient placés dans les « crossoptérygi […]
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