Après une intense campagne, l'ex-journaliste Mauricio Funes remporte l'élection présidentielle le 15 mars 2009. Premier candidat du Front Farabundo Martí de libération nationale (F.M.L.N.), ex-mouvement de guérilla d'extrême gauche reconverti en parti politique, à ne pas avoir pris part à la lutte armée, il bat son rival de l'Alliance républicaine nationaliste (Arena, droite), Rodrigo Ávila, avec 51,3 p. 100 des voix contre 48,7 p. 100. Cette victoire met fin à vingt ans d'hégémonie de la droite dans le pays.
Bien que proche des gouvernements de gauche de l'Amérique du Sud, en particulier de celui du Brésilien Luíz Inácio Lula da Silva, le président Funes rappelle qu'il ne souhaite pas de confrontation avec les États-Unis et qu'il ne se reconnaît pas dans le courant d'extrême gauche représenté par le président vénézuélien Hugo Chávez. Néanmoins, l'une des premières mesures qu'il prend est le rétablissement des relations diplomatiques avec Cuba. En juillet, le gouvernement annonce qu'il apporte son soutien au président hondurien Manuel Zelaya, renversé un mois plus tôt. Sur le plan de la politique intérieure, le président Funes augmente de façon significative les allocations scolaires et les prestations de santé pour les enfants, notamment les plus pauvres ; il rend l'école gratuite, et offre repas et uniformes aux élèves pauvres des écoles publiques. Le président lance, par ailleurs, un nouveau programme d'aide aux personnes âgées démunies et prend des mesures pour lutter contre la corruption généralisée au sein du gouvernement.
La crise mondiale aggrave les difficultés économiques du pays ; le gouvernement doit ainsi faire face à un taux de chômage élevé et à une forte baisse des exportations et des importations. Les transferts d'argent des Salvadoriens émigrés aux États-Unis ont, en outre, chuté de plus de 10 p. 100 au cours des sept premiers mois de 2009. Funes promet d'importants progrès économiques et ses programmes sociaux lui permettent de conserver ses soutiens parmi la population, dont 47 p. 100 vit au-dessous du seuil de pauvreté.
La violence et la criminalité, notamment liées aux gangs tels que la Mara 18 et sa rivale la Mara Salvatrucha, continuent à poser de graves problèmes. Le reporter-photographe français Christian Poveda, dont le film documentaire La Vida Loca (2009) témoigne de la vie des membres de la Mara 18, est assassiné en septembre dans un quartier pauvre de San Salvador.
Le président Funes décrète l'état d'urgence nationale, le 9 novembre, après le passage de l'ouragan Ida qui a provoqué la mort d'au moins cent cinquante-deux personnes, le déplacement de dix mille autres, sans compter le nombre de disparus et les importants dégâts matériels. Près de dix mille personnes auraient besoin d'une aide alimentaire.
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