3. Classification des rétrovirus comme agents pathogènes
Cette classification est fondée sur des critères pathologiques, comme le type de maladie, son incidence et une éventuelle latence avant son émergence.
Les deux classes de rétrovirus reconnus comme agents pathogènes sont aujourd'hui les oncovirus et les lentivirus.
Parmi les oncovirus, qui sont en majorité des virus de type B ou de type C, on a pu identifier plusieurs sous-classes. Les oncovirus lents, comme ALV (oiseaux), MuLV (souris) et HTLV (homme) causent, par exemple, des leucémies et des lymphomes après un temps de latence. Les oncovirus rapides, comme RSV (oiseaux) et MSV (souris) contiennent un oncogène et causent des sarcomes sans temps de latence et avec une forte incidence.
Une autre sous-classe d'oncovirus existe aussi mais elle n'est pas, ou fort peu, pathogène et est présente sous forme d'éléments génétiques latents dans le génome de l'animal et de l'homme, à plusieurs centaines de copies. Ces virus dits endogènes sont homologues aux ALV (oiseaux) et MuLV (souris, chat, singe, homme), peu exprimés et transmis verticalement comme des caractères héréditaires.
Les lentivirus sont la cause d'immunodéficiences, comme le VIH, de dégénérescence du système nerveux central, d'anémie (EIAV chez le cheval), et de maladies pulmonaires et articulaires (Visna et CAEV chez la chèvre et le mouton), et présentent un temps de latence.
Les spumavirus, souvent trouvés chez les singes, ne sont pas associés à des maladies à l'heure actuelle.
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