2. Apparition de la vascularisation
Les Ptéridophytes contiennent en outre les Trachéophytes les plus primitives, c'est-à-dire les plantes les plus archaïques qui soient parmi celles qui ont acquis un appareil conducteur lignifié contenant du xylème et du phloème. Si, dans les Psilophytes, le gamétophyte et le sporophyte sont vascularisés, dans les groupes plus évolués, seul le sporophyte possédera un appareil conducteur. Les formations du xylème des Ptéridophytes sont presque toujours homoxylées, c'est-à-dire constituées par des cellules conductrices identiques, ponctuées, mais toujours imperforées.
Ces éléments conducteurs suivent un développement comparable dans le sporophyte de tous les embranchements de Ptéridophytes ; ce développement n'est qu'ébauché dans les formes archaïques (Psilophytes, Lycophytes), et son degré de complexité s'accroît chez les formes les plus évoluées (Arthrophytes, Filicophytes). Dans certaines espèces même, l'évolution aboutit à des éléments conducteurs perforés, donc à des vaisseaux : la structure est alors dite hétéroxylée. Ce caractère est rare chez les Ptéridophytes et ne se trouve qu'en fin de phylum dans les embranchements relativement les plus évolués.
La racine, dès son apparition chez les Lycophytes, présente une structure identique à celle de la tige qui la porte (xylème centripète). Dans les Ptéridophytes plus évoluées (Sphénophytes, Filicophytes), comme chez toutes les Spermaphytes, la racine conserve définitivement cette structure, alors que la tige traverse des phases beaucoup plus différenciées.
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