5. Affinités
Par le mode d'apparition du cœlome (entérocœlie) et sa subdivision en trois parties, d'où découle la trimétamérie, et par leur organisation nerveuse, les Pogonophores rappellent des Stomocordés et se rattachent ainsi au vaste ensemble des Deutérostomiens qui réunit, en outre, les Échinodermes et les Cordés. Cependant, quelques traits originaux, comme la présence de cœlomoducte au niveau du métasome, et surtout l'absence de tractus digestif, font des Pogonophores un phylum indépendant.
Enfin, la découverte de l'opisthosome métamérisé, l'étude cytologique de l'épiderme et de ses annexes (soies, cuticule) ont amené à un rapprochement avec les Annélides. Quelques auteurs ont aussi vu chez les Pogonophores des ressemblances avec les Lophophoriens.
Cette réunion de caractères disparates, contradictoires, ne facilite pas la découverte des affinités réelles.
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