4. Le bacille de Yersin
Le bacille de Yersin (Yersinia pestis) appartient au genre Yersinia, après avoir longtemps été classé comme Pasteurella pestis. C'est un bacille court, ovoïde, Gram négatif, immobile et non sporulé (cf. photo). Certaines de ses propriétés biochimiques ont un intérêt épidémiologique ; ainsi, la fermentation du glycérol, par exemple, est liée à l'origine géographique des souches : les souches de la variété continentale, qui provoquent la fermentation du glycérol, proviennent des foyers anciens (Mandchourie, Mongolie, sud-est de l'ex-U.R.S.S., Afrique centrale), alors que les souches de la variété océanique ou orientale, qui ne provoquent pas cette fermentation, correspondent aux souches isolées, disséminées dans le monde entier lors de la troisième pandémie. L'existence actuelle de foyers mixtes où se rencontrent des souches capables d'entraîner la fermentation du glycérol et des souches qui n'ont pas cette propriété témoigne de l'existence de plusieurs importations successives de la peste. De même, les souches de la variété continentale sont séparées en variétés antiqua et médiévalis, selon qu'elles réduisent ou non les nitrates en nitrites, produisent ou non de l'acide nitreux et attaquent ou non le mélibiose.
Des études de biologie moléculaire (2004) ont révélé que le genre Yersinia comportait une souche ancestrale d'où ont émergé onze espèces dont deux, récemment (entre 0,5 et 2 millions d'années) sont des entérobactéries, Y. enterolitica et Y. pseudotuberculosis. C'est de cette dernière espèce que Y. pestis aurait pris naissance récemment (20 000 ans au plus).
Par rapport à Y. pseudotuberculosis, Y. pestis se différencie par une perte de gènes mais aussi par l'acquisition de plasmides permettant le passage du germe chez l'animal vecteur, c'est-à-dire la puce. La question de l'accroissement du pouvoir pathogène reste à l'éclaircir.
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