Le 3 janvier 1990, le général Manuel Noriega, homme fort du pays, se rend aux responsables de l'opération militaire Juste Cause lancée en décembre 1989 par les États-Unis. Il revendique le statut de prisonnier politique. Accusé de trafic de drogue, il est déféré devant la justice américaine.
Le Congrès américain vote des aides en 1990, à condition que le Panamá parvienne à un accord avec ses créanciers. Les États-Unis réclament également un meilleur accès à l'information bancaire dans la lutte contre la drogue ; une loi leur donne gain de cause en juillet 1991.
Suspecté de corruption, confronté à un endettement croissant et à une situation sociale difficile (manifestations de mai-juin 1991, grève des enseignants en octobre 1993), le gouvernement de Guillermo Endara, vainqueur de l'élection présidentielle invalidée de mai 1989, ne peut éviter la montée des mécontentements : victoire des ex-partis noriéguistes aux législatives partielles de 1991, vives critiques en juin 1992 après la visite du président américain George Bush (mais le mouvement réclamant le maintien des troupes américaines après 1999 progresse), victoire du non au référendum de novembre 1992 concernant cinquante-huit mesures (parmi lesquelles l'abolition de l'armée).
Vainqueur de l'élection présidentielle de mai 1994, Ernesto Pérez Balladares, candidat du Parti révolutionnaire démocratique (P.R.D.), prône l'union nationale. Sa formation soutenait le régime du général Noriega. Le 4 octobre, le Parlement adopte un projet de loi visant à abolir l'armée. Le 13 octobre, deux des principaux dirigeants de la junte haïtienne, les généraux Raoul Cédras et Philippe Biamby, se réfugient au Panamá.
Le 11 janvier 1995, alors que les accusations de corruption et de népotisme à l'encontre du gouvernement se multiplient, de nombreux « suspects », accusés d'avoir fomenté un complot contre le président Pérez Balladares, sont arrêtés.
Le 30 août 1998, les Panaméens rejettent par référendum, par 64 p. 100 des voix, un amendement qui aurait permis au président Pérez Balla […]
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