Au début de 1991, le Kenya, qui se plaignait déjà d'incidents frontaliers répétés, accuse l'Ouganda d'encourager la sédition en territoire kenyan et de guider en sous-main les rebelles rwandais stationnés en Ouganda. Mais, loin d'amener la victoire des rebelles et de tarir l'afflux des réfugiés rwandais (comme l'espérait peut-être la population ougandaise), le conflit rwandais, en s'éternisant, met plutôt en lumière les divisions ougandaises. Le 8 août 1992, un accord avec le Rwanda ramène l'espoir d'une pacification de la région. Les massacres que connaît ce pays à partir d'avril 1994 ont fait affluer des milliers de cadavres jusqu'au lac Victoria. Autre sujet d'inquiétude, Khartoum semble repousser les populations du Soudan du Sud vers l'Ouganda, qui voit dans cette manœuvre une tentative d'infiltrer son territoire par des groupes fondamentalistes armés.
Fort de l'appui d'un nombre croissant de pays occidentaux, qui apprécient peu le Mouvement national de résistance (N.R.M.) mais saluent ses compétences personnelles, la paix et la relative prospérité qu'il a ramenées en Ouganda, Yoweri Museveni contrôle étroitement les aspirations démocratiques. Le 28 mars 1994, le N.R.M. remporte la majorité absolue lors des élections de l'Assemblée constituante chargée d'élaborer de nouvelles institutions.
Le 18 novembre, Kintu Musoke succède à George Adyebo au poste de Premier ministre.
Le 23 avril 1995, l'Ouganda rompt ses relations diplomatiques avec le Soudan.
Le 8 octobre est promulguée la nouvelle Constitution qui prévoit le maintien pendant encore cinq ans du système « sans parti » que l'opposition dénonce comme un monopartisme déguisé ; le retour au multipartisme dépendra alors du résultat d'un référendum.
La stabilité politique et les bons résultats économiques font de l'Ouganda l'un des meilleurs élèves du F.M.I. en Afrique.
Le 9 mai 1996, Yoweri. Museveni, à la tête de l'État depuis sa prise du pouvoir en janvier 1986, remporte la première élection présidentielle au suffrage universel […]
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