Disciple et peut-être parent du patriarche Photius, Nicolas partage la disgrâce de celui-ci en 886 : il perd son poste de fonctionnaire public et entre dans un monastère. Mais Léon VI, qui ne lui avait pas retiré son amitié, le reprend bientôt comme mystikos (« homme de confiance ») ; le nom lui est resté, sans qu'on soit en mesure de déterminer à quel département il était préposé au sein de l'administration.
Le 1er mars 901, Nicolas succède au patriarche Antoine Cauléas. D'emblée, il manifeste son intérêt pour la discipline ecclésiastique et, dans la tradition de Photius, pour les missions. Il crée notamment une hiérarchie en Alanie (901) et stimule l'évangélisation des principautés caucasiennes du voisinage. Au début de 906, éclate l'affaire dite de la « tétragamie », c'est-à-dire des quatrièmes noces, regardées à Byzance comme une ignominie. Léon VI, auquel trois mariages précédents n'ont pas procuré d'enfant mâle, vient d'en obtenir un de sa maîtresse Zoé Karbonopsina. Le patriarche baptise l'enfant, le futur Constantin VII, à la condition que le basileus renvoie la mère. Trois jours plus tard, Léon épouse Zoé. Nicolas est en quête d'un arrangement canonique lorsque l'empereur sollicite une dispense du pape Sergius III. Ulcéré, le prélat durcit son attitude et, à deux reprises, interdit au basileus l'accès de Sainte-Sophie (Noël 906, Épiphanie 907), si même il ne trempe pas dans une conspiration. Léon l'expédie dans un monastère de la rive asiatique, extorque sa démission et le remplace par le moine Euthyme.
Le 11 mai 912, Léon VI meurt. Alexandre, qui détestait de longue date son frère défunt, chasse Euthyme et restaure Nicolas. Mais il meurt lui-même peu après, le 6 juin 913. Constantin VII n'a que sept ans, et Nicolas assume la régence. La situation est critique. Le roi de Bulgarie, Syméon, a ouvert les hostilités ; il campe devant Byzance et exige d'être couronné basileus des Romains. Nicolas transige. Il lui ménage un accueil solennel, lui impose la couronne impéria […]
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