4. Du XVIe siècle à nos jours
Au xvie siècle, l'Église nestorienne s'affaiblit encore à la suite de la politique d'union menée par Rome. Récusant la dévolution héréditaire du patriarcat d'oncle à neveu, en vigueur depuis 1450 (et qui demeure la règle jusqu'au xxe siècle), un groupe dissident entra en communion avec Rome sous la conduite de Sulāqā. Ainsi commença la communauté chaldéenne catholique, qui, de nos jours, a intégré la grande majorité des nestoriens d'Irak. En Inde, tous les chrétiens acceptèrent l'union de 1599, lors du synode de Diamper tenu sous l'influence des Portugais. Mais, cinquante ans plus tard, la majorité d'entre eux, découragée par la latinisation, reprit sa liberté et se rattacha à l'Église syrienne occidentale, embrassant ainsi, paradoxalement, le monophysisme ! Le nestorianisme a cependant repris pied en Inde en 1874, lorsque le patriarche chaldéen voulut y établir sa juridiction sur les catholiques fidèles à l'union de Diamper. Devant l'opposition du pape Pie IX à ce projet, la communauté rassemblée par Mar Mellus, envoyé du patriarche chaldéen Audo, se rattacha au patriarcat nestorien : elle devait avoir 15 000 fidèles en 1982. La guerre de 1914-1918 a décimé les nestoriens du nord de la Mésopotamie. En 1933 encore, ils subirent de telles persécutions de la part du gouvernement irakien que beaucoup s'exilèrent, y compris le patriarche Mar Chimoun XXIII, dernier patriarche héréditaire, qui mourut assassiné aux États-Unis en 1975, où il s'était fixé depuis 1940 et où il s'était marié en 1972.
Comptant environ 200 000 fidèles, la glorieuse Église d'Orient, qui a répudié l'appellation de nestorienne, n'est plus que l'ombre d'elle-même. Elle a pourtant adhéré au Conseil œcuménique des Églises, envoyé des observateurs au deuxième concile du Vatican et elle entretient des relations assez cordiales avec l'Église d'Angleterre, mais le successeur élu en 1976 de Mar Chimoun, Mar Denkha IV, métropolite de Téhéran, n'a pas réussi à venir à bout de schismes qui perdurent dans l'épiscopat depuis les dernières années de son prédécesseur.
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