2. Cytologie
Le nombre de chromosomes semble toujours le même dans les classes très homogènes morphologiquement, celle des Sphagnopsida (n = 19) et celle des Andreaeopsida (n = 10). Dans celle des Bryopsida, au contraire, il diffère suivant les familles.
Le nombre et la morphologie des chromosomes aident à résoudre certains problèmes taxonomiques, phylogénétiques ou biogéographiques. Ainsi, grâce à l'examen du caryotype, on a établi la place du genre Pleuridium parmi les Ditrichacées, celle du genre Bruchia parmi les Dicranacées ; on a pu comprendre la composition de l'espèce Plagiothecium denticulatum, mousse des rochers siliceux, de la terre et des souches de nos bois, qui rassemble diverses sous-espèces, variétés et formes correspondant à des populations à n = 10 ou n = 10 + 1 et à des polyploïdes à n = 20 ou n = 25.
Chez les mousses, on constate parfois la présence de petits chromosomes faiblement colorés, que l'on a nommés « chromosomes accessoires » (ou « chromosomes surnuméraires », « m-chromosomes ») et qui n'auraient probablement pas un rôle génétique important. Chez Fissidens cristatus, par exemple, certaines plantes possèdent n = 13 et des plantes d'origine géographique différente n = 13 + 2 m, et cependant aucun caractère morphologique particulier n'est décelable dans les unes ou dans les autres.
Les chromosomes sexuels ont été assez souvent reconnus chez les Mousses, en particulier dans les genres Polytrichum, Hypnum et dans les Bartramiacées.
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