De 1947 à 1990, le pays est administré par les États-Unis sous mandat de l'O.N.U. L'accession à l'O.N.U. en septembre 1991 fait figure de reconnaissance officielle par la communauté internationale.
Aux élections générales de novembre 1991, l'opposition, rassemblée autour du Ratak Ralik Democratic Party, demeure faible face au Government Party, bien que plusieurs ministres soient battus. Élu en 1987, Amata Kabua reçoit en janvier 1992 un deuxième mandat présidentiel du Parlement ; malgré quelques problèmes de santé, il conserve une autorité renforcée par son appartenance à une lignée de chefs coutumiers.
Les îles Marshall constituent pour les Américains une base stratégique dans le Pacifique. Le traité de libre association (Compact of Free Association), appliqué depuis 1986, promet au pays l'autonomie interne et l'aide américaine en échange du contrôle de quelques sites militaires. En application de ce traité, les États-Unis fournissent à l'État 75 p. 100 de ses revenus en 1992. Les îles Marshall tentent de réduire leur dépendance en développant des relations économiques avec tous leurs partenaires asiatiques, en particulier la Chine. Elles espèrent par cette politique aborder dans les meilleures conditions la renégociation du traité en 2001. En attendant, le gouvernement maintient une pression constante sur Washington : revendication de l'île de Wake, demande d'indemnisation pour les populations affectées par les essais nucléaires entre 1946 et 1962 (10,9 millions de dollars sont versés en 1992).
En août 1994, la présentation du projet gouvernemental de transformation d'un atoll en dépôt de déchets nucléaires soulève de vives critiques dans l'archipel.
Le 20 novembre 1995, le Government Party, au pouvoir, conserve la majorité au Parlement lors des élections législatives.
Le 15 novembre 1999, le Parti démocratique unifié (opposition) remporte les élections législatives.
Le 10 janvier 2000, le président Amata Kabua est remplacé par Kessai Note.
En mai 2003, après quatre ans de négociations, les États-Unis et les îles Marshall signent pour vingt ans un nouveau pacte de libre-association octroyant à celles-ci une aide d'environ 3,1 milliards de dollars – dont 2,3 milliards en contrepartie de l'extension jusqu'en 2066 de l'utilisation de l'atoll de Kwajalein par l'armée américaine, dans le cadre du programme de défense antimissiles. Le 17 novembre, à l'occasion des élections législatives, les leaders de l'opposition et les habitants de Kwajalein, qui jugent insuffisant le loyer annuel, dénoncent l'atteinte à la souveraineté de l'archipel que représente à leurs yeux le traité.
Le 19 novembre 2007, les candidats du Parti démocratique unifié remportent la majorité des 33 sièges du Parlement aux élections législatives.
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