4. La lutte contre les maladies contagieuses
En 1867, Pasteur succède à Balard dans la chaire de chimie physiologique de la Sorbonne. Le chercheur dispose désormais d'un laboratoire bien équipé. Mais en 1868, à l'âge de quarante-six ans, il est frappé par une attaque d'hémiplégie cérébrale dont il ne se relèvera que lentement, restant en grande partie paralysé du côté gauche. Sa jambe raide le handicapera beaucoup pour marcher. Il ne pourra plus manipuler lui-même au laboratoire et devra s'en remettre à ses collaborateurs (Roux, Yersin, Duclaux, Haffkine, Metchnikoff). Il assistera cependant à toutes les expériences et surveillera de près tous les travaux : mais ne plus pouvoir être directement expérimentateur fut certainement pour lui un grand drame. Quelques années plus tôt, en 1859, 1865 et 1866, il avait perdu trois filles de la typhoïde et du choléra.
Au milieu de tous ces malheurs, une réorientation importante de la carrière de Pasteur va se produire : il va se consacrer à l'étude des maladies d'origine microbienne. La « théorie des germes », la présence universelle des micro-organismes dans l'air atmosphérique, révélée par les expériences sur la génération spontanée, la perte de ses propres enfants, devaient logiquement conduire Pasteur vers ces nouvelles recherches. Ce mouvement fut précipité par une demande de son ancien maître, Jean-Baptiste Dumas, devenu sénateur du Gard.
Une maladie d'origine mystérieuse dévastait les élevages français de vers à soie dans le Midi de la France. Dumas obtint que Pasteur, auréolé de la gloire acquise lors de ses travaux sur les « maladies » du vin, de la bière, du vinaigre, etc., se rende sur place, à Alès, entouré de plusieurs collaborateurs, pour étudier les maladies du ver à soie ; c'est-à-dire de la chenille du papillon Bombyx du mûrier. Deux affections principales touchaient les élevages : la pébrine, qui couvrait les vers de fines taches brunes (leur donnant un aspect « poivré ») et la flacherie ou « maladie des morts flat […]
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