C'est sous la forme d'une lettre écrite par Jacques à un destinataire dont le nom est partiellement lacunaire (on a proposé : [Cérin]the) que l'Apokryphon (ou Livre secret) de Jacques nous est parvenu. Il figure dans le Codex I (Codex Jung) de la bibliothèque gnostique de Nag Hammadi. Cette lettre rapporte un dialogue entre Pierre et Jacques et le Christ ressuscité (« Je vous ai d'abord parlé en paraboles et vous n'avez pas compris ; maintenant je vous parle à découvert »). Le Christ les entretient notamment de l'obligation pour leurs âmes d'être emplies de l'Esprit saint, de leur passion future, du souci qu'ils doivent avoir de la Croix du Christ, du don de prophétie qui leur sera donné, du zèle qu'ils doivent avoir pour le Logos, pour la gnose, de la Vie et du Royaume des cieux. Puis il remonte vers le Père et les deux apôtres sont ravis en esprit.
