3. Catholiques, monophysites et païens
L'unité religieuse, garante de l'unité politique, fut probablement la plus grande et la constante préoccupation de Justinien.
Dès 528, il proscrivit le paganisme ; contre ses derniers tenants, intellectuels peu dangereux comme ceux des écoles d'Athènes, fermées en 529, ou paysans arriérés d'Anatolie, la contrainte parut un argument suffisant. Elle fut appliquée aussi aux juifs, du reste avec beaucoup moins de succès.
À l'égard des monophysites, très nombreux en Syrie et en Égypte, Justinien fut plus prudent, par crainte de déchirer l'Empire, mais aussi par égard pour Théodora dont les convictions monophysites étaient notoires : en 537, elle alla jusqu'à faire enlever par Bélisaire et déporter le pape Silvère, qu'elle remplaça par Vigile, dans l'espoir que celui-ci serait moins intransigeant pour ses protégés. Mais Justinien ne pouvait la suivre très loin dans cette politique, car l'appui de la papauté était indispensable à son projet de reconquête de l'Occident, et le catholicisme garda les positions qu'il avait reconquises à Byzance au lendemain de la mort d'Anastase.
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