Né à Tarascon, Gilles est d'abord enfant de chœur à la cathédrale d'Aix-en-Provence dont la maîtrise est dirigée par Guillaume Poitevin ; il lui succède en 1693. En 1695, il quitte Aix pour Agde, où il remplit les fonctions de maître de chapelle à la cathédrale. En 1697, grâce à l'appui de Monseigneur de Bertier, évêque de Rieux, il est nommé maître de chapelle à la cathédrale Saint-Étienne de Toulouse ; lors de son séjour dans cette ville, il compose sa Messe de Requiem et demande par testament au chapitre de la faire chanter à ses funérailles, pour le repos de son âme. Il meurt prématurément à Avignon. Selon sa volonté, la Messe de Requiem est exécutée pour la première fois, lors de ses obsèques, sous la direction de son ami André Campra, qui va contribuer à la faire connaître. Très célèbre durant tout le xviiie siècle, la Messe est notamment exécutée aux obsèques de Jean-Philippe Rameau (1764) — par cent quatre-vingts musiciens « symphonistes et chanteurs », appartenant à l'Académie royale de musique, à la Musique du roi et à diverses églises — et pour le service funèbre de Louis XV (1774), par les musiciens ordinaires de la Chapelle du roi.
Différents manuscrits de la Messe de Requiem existent dans les bibliothèques parisiennes, en particulier le matériel complet utilisé lors des obsèques de Rameau (bibliothèque du Conservatoire). Selon une coutume fréquente au xviie siècle et au début du xviiie, les partitions ne mentionnent pas le détail de l'orchestration, mais seulement les grandes lignes. Une belle version moderne de la partition d'orchestre, basée sur la confrontation des divers manuscrits, a été établie par l'abbé Jean Prim et Laurence Boulay ; fidèle à l'écriture instrumentale de l'époque, cette version met en valeur la puissance d'expression, la gravité, la noble beauté de cette œuvre exceptionnelle.
Outre la Messe de Requiem, on conserve de Jean Gilles les manuscrits de cinq Motets à grand chœur et symphonie, dix Motets pour voix seule et trois Psaumes.
Nicole LACHARTRE
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