Chimiste, physiologiste et médecin flamand, Jan Baptist van Helmont eut le grand mérite d'avoir établi un pont entre l'alchimie et la chimie, et malgré ses penchants mystiques et sa croyance en la pierre philosophale, il respecta l'enseignement de William Harvey et celui de Galilée. Il fut un observateur minutieux et un expérimentateur précis.
Il s'attaque aux éléments d'Aristote. « Le feu, dit-il, n'est ni un élément, ni une substance ; la flamme est une fumée allumée. » En outre, comme les chimistes de son époque, il considéra que la terre n'est pas un élément : elle résulte de la transformation de l'eau. Il démontra son hypothèse en faisant pousser un jeune saule dans une caisse de bois contenant une quantité de terre bien déterminée. Après arrosage, durant cinq ans, avec de l'eau de pluie filtrée sur tamis, il observa que le poids de l'arbre avait augmenté de 74 kg, tandis que celui de la terre n'avait diminué que de 57 g. La terre n'ayant accusé aucune variation sensible de poids, c'est donc l'eau qui s'est changée en bois et en racines, c'est-à-dire en substances solides que l'on qualifiait de « terre ».
Bien qu'il ne fût pas opposé à l'idée de transmutation, il réfuta l'expérience qui consistait à « transmuer » le fer en cuivre par séjour dans une solution de vitriol bleu (sulfate de cuivre) en prouvant que le vitriol renferme l'élément cuivre.
« Précurseur de la chimie pneumatique », comme l'écrit Hoefer, Van Helmont révéla d'une façon scientifique l'existence des « gas », comme il les nomme, et en reconnut plusieurs. Il identifia l'un d'eux, le « gas sylvestre » (gaz carbonique) qui résultait de la combustion du charbon, ou de l'action du vinaigre sur certaines pierres, ou de la fermentation du jus de raisin. Il faut noter que le mot « gaz » n'avait pas pour Van Helmont le sens qu'on lui attribue actuellement : le gaz constitue l'ensemble des « exhalaisons » dont l'air, le second élément retenu par Van Helmont, est le réceptable.
Physiologiste, il considérait que la digestion, l'alimentation et le mouvement étaient dus à des ferments qui transformaient, en six étapes, les aliments en matière vivante. On est encore, certes, bien loin de la conception des transformations enzymatiques. En effet, pour Van Helmont toute substance est formée d'eau, élément primordial, et d'un ferment impondérable, principe spirituel qui exerce son action sous l'influence d'une force spirituelle, l'Archée. Médecin, il se laissait guider par des principes chimiques pour le choix des remèdes et introduisait, par exemple, l'usage de l'alcali pour corriger l'acidité excessive des ferments digestifs.
Ses œuvres complètes furent publiées en 1648 par son fils Franz Merkurius : Ortus medicinæ, vel opera et opuscula omnia.
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