2. Mise en œuvre des missions actuelles
• La recherche
En 2006, l'effectif de l'Institut Pasteur, ou plutôt de personnels travaillant sur le campus, est de l'ordre de 2 500, de plus de 50 nationalités différentes, et dont 1 000 sont élèves des différents cours et stagiaires, souvent pour des périodes de courte durée. Une partie des chercheurs et du personnel administratif et technique vient du C.N.R.S., de l'I.N.S.E.R.M. et de l'Université. Les 146 unités de recherche (en 2006) et les vingt plates-formes technologiques (des équipements de haute technologie comme l'imagerie dynamique, la R.M.N. à haute fréquence, la détermination de structures de protéines dans l'espace, etc.) sont réparties au sein de dix départements de recherche, chacun correspondant à un type majeur d'activité scientifique (neurosciences, virologie, biologie du développement, etc.). À peu près tous les thèmes de la biologie contemporaine sont représentés par au moins une unité de recherche. Les personnels scientifiques sont situés à l'intérieur d'une hiérarchie (de chargé de recherche à professeur) calquée sur celle des organismes de recherche d'État, mais sans correspondance stricte de statut. Les unités sont créées après évaluation de leurs projets pour des périodes de quatre ans, renouvelables actuellement trois fois, avant demande de refondation. Les embauches de personnels sont soumises à appel d'offres extérieur. L'Institut Pasteur produit entre 850 et 1 000 articles par an. Bien que cela soit difficile à apprécier sereinement, l'institut I.S.I. de Philadelphie le situe par bibliométrie parmi les meilleurs en microbiologie et à un moindre degré en immunologie. Les études de bibliométrie menées par l'I.N.S.E.R.M. confirment ce haut niveau de qualité en France par rapport à l'I.N.S.E.R.M. et au C.N.R.S. dans ces mêmes disciplines. Une analyse plus fine montre cependant que les travaux de qualité sont très liés aux personnes et ne concernent pas de façon équivalente tous les laboratoires.
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