Dans son Introduction à l'étude de la médecine expérimentale (1865), Claude Bernard expose le rôle des hypothèses au sein du raisonnement expérimental, et c'est à cette occasion qu'il en propose la définition. L'expérience est une observation provoquée dans un but de contrôle. Instituer une expérience consiste à modifier le déroulement d'un phénomène naturel, à provoquer artificiellement des phénomènes pour les analyser. Expérimenter, c'est poser une question, or « on ne conçoit jamais une question sans l'idée qui sollicite la réponse. Je considère donc, en principe absolu, que l'expérience doit être instituée en vue d'une idée préconçue... » L'hypothèse est cette idée préconçue. Cette définition est imprécise, comme Claude Bernard ne l'ignorait pas, et il faut s'en féliciter. Une telle désignation a le mérite de ne pas masquer sous une précision prématurée les problèmes que pose l'usage de cette notion. Ceux-ci tiennent au statut épistémologique de l'hypothèse, à la position qu'elle occupe au sein d'une construction théorique, au degré d'explicitation qu'elle présente et aux rectifications dont elle fait l'objet au cours de l'expérimentation.
1. Statut d'une hypothèse
Le statut de l'hypothèse varie selon les principes épistémologiques retenus. Il existe au moins deux grandes manières de concevoir les hypothèses. Une hypothèse peut être une simple généralisation, celle par laquelle on suppose que ce qui a fait l'objet de nombreuses observations concordantes a valeur de loi de la nature. L'hypothèse est alors un condensé des faits, et l'élargissement des connaissances qu'apporte une expérience nouvelle s'inscrit dans le processus inductif de production des connaissances à partir des observations. Mais il n'en est pas de même si l'hypothèse est créatrice, si elle consiste à considérer que des entités théoriques – électrons, champs magnétiques, neutrinos, trous noirs, inconscient, milieu intérieur, sélection naturelle, etc. – qui ne sont pas directement observables à un mom … ]
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