2. Hermaphrodisme non fonctionnel
Lorsqu'il existe indépendamment de la formule génétique un état de bivalence de l'appareil génital juvénile, on parle d'hermaphrodisme embryonnaire. Chez les embryons (ou les larves) des animaux qui manifestent cette bivalence coexistent les ébauches des appareils génitaux, mâle et femelle. Au cours du développement, il doit donc se produire un « virage » privilégiant l'achèvement de l'une des ébauches et la régression de l'autre, moyennant un processus de maturation sexuelle. L'embryon des Vertébrés passe ainsi par un stade hermaphrodite avant la phase de différenciation sexuelle. L'appareil génital comprend les ébauches des deux sexes. L'un des constituants de la gonade (le cortex) donnera l'ovaire et l'autre composant (la médullaire) le futur testicule.
L'ébauche embryonnaire peut subsister chez l'adulte : c'est un hermaphrodisme rudimentaire. Un exemple est fourni par l'organe de Bidder du crapaud mâle, situé en avant des testicules. Il présente une structure ovarienne caractérisée par la présence de jeunes ovocytes au repos ; il s'agit là de l'ébauche ovarienne de la glande hermaphrodite de l'embryon ; cette ébauche s'atrophie chez le mâle, mais peut dans certaines conditions expérimentales (ablation du testicule par exemple) devenir fonctionnelle. On retrouve une disposition analogue chez les Oiseaux. Ainsi, la poule présente un oviducte et un ovaire droits atrophiés. Mais seule la gonade gauche est fonctionnelle, la gonade droite a l'aspect d'un testicule rudimentaire qui peut évoluer en testicule normal après ablation de l'ovaire gauche.
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