5. Une résistance opiniâtre
Les troubles graves commencent lorsque les Portugais se mettent en tête d'administrer le pays, c'est-à-dire quand ils cessent de payer aux Africains des redevances pour commercer et essayent de lever l'impôt. Une convention de délimitation avec la France (1886) ampute considérablement les prétentions portugaises et place les autorités devant la nécessité de s'implanter à l'intérieur, les armes à la main. Disposant de peu de moyens et de mauvaises troupes, les Portugais vont se heurter à une vigoureuse résistance qui préfigure la guerre de libération. Pour chaque ethnie, une ou plusieurs campagnes seront nécessaires pour faire reconnaître l'administration. Les « lusitanisés » de Bissau et de Cacheu, les grumetes, ne seront pas en reste pour contester le pouvoir colonial. Parmi la trentaine de campagnes importantes organisées à partir de 1879, on doit signaler celles de Geba (1886, 1890-1891) contre les Peuls, de Bissau (grave défaite portugaise en 1891, 1894), de l'Oio et de Farim (1897), à nouveau de l'Oio (1902), de Cacheu (contre les Papel) et surtout les grandes campagnes de 1907-1908 contre une partie des Beafada, Floup, Papel. En règle générale, les Portugais recourent massivement aux irréguliers, momentanément ralliés à eux.
La Guinée portugaise est l'enfant malade de Lisbonne, qui n'a même pas la consolation d'en tirer un quelconque revenu, l'essentiel du commerce étant tenu par des maisons françaises et allemandes. En 1913, la plupart des ethnies littorales restent à conquérir. Les Portugais y parviendront grâce au capitaine Teixeira Pinto et à l'emploi de mercenaires sénégalais et peuls qui razzient systématiquement les Balante de Mansôa, de l'Oio et du Geba (1913, 1914), les Mandingues de l'Oio (1913), les Manjak (1914) et finalement les grumetes et les Papel de Bissau (1915). La « pacification » traînera jusqu'en 1935-1936 dans l'archipel des Bissagos (île de Canhabaque).
Chasse gardée de sociétés monopolisant l'achat de l'arachide (culture forcée imposée par le régime colonial), dépourvue de possibilité d'expression politique (1 478 Noirs au total ont le statut de « civilisés » en 1950) ou de développement culturel, la Guinée portugaise est le type même de la colonie d'exploitation, quelles que soient les fictions juridiques dissimulant son statut réel.
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