Quelques heures après la mort du président Lansana Conté, le 22 décembre 2008, un coup d'État militaire dirigé par le capitaine Moussa Dadis Camara dissout le gouvernement civil de la Guinée. Le 6 janvier 2009, le Conseil national pour la démocratie et le développement (C.N.D.D.), nouvellement formé, reprend officiellement toutes les fonctions de l'État. Malgré les promesses du capitaine Dadis Camara sur la tenue d'élections avant la fin de l'année, la Guinée est suspendue de l'Union africaine et de la Communauté économique des États de l'Afrique de l'Ouest (C.E.D.E.A.O.).
Le 16 mars, une coalition de leaders politiques rencontre les chefs de la junte militaire, proposant un plan de retour au pouvoir civil et demandant l'organisation d'élections législatives et présidentielle. Le 17 août, Dadis Camara annonce que le scrutin présidentiel se tiendra le 31 janvier 2010 et que les membres de la junte ont accepté de ne pas s'y présenter. Malgré cette déclaration, des rumeurs laissant entendre que le chef de la junte prévoit de briguer la présidence déclenchent une manifestation de plusieurs dizaines de milliers de personnes le 28 septembre dans le stade de Conakry. Les soldats tirent sur la foule, faisant, selon les sources, plus de cent cinquante morts et des centaines de blessés ; d'après le gouvernement, le bilan de ces affrontements s'élève à cinquante-sept morts. Dans un discours télévisé le 30 septembre, Moussa Dadis Camara prévient les émeutiers qu'ils seront sévèrement punis et annonce que tous les rassemblements d'opposition sont dorénavant interdits. Dès le début du mois d'octobre, un dialogue s'amorce cependant entre le chef de la junte et l'opposition, qui demande le départ de ce dernier ainsi que la dissolution du C.N.D.D., et la C.E.D.E.A.O. nomme le président du Burkina Faso, Blaise Compaoré, médiateur de la crise guinéenne. Le 3 décembre, le capitaine Dadis Camara est victime d'une tentative d'assassinat par son aide de camp. Alors qu'il est hospitalisé à Rabat et que l'auteur de l'attentat est en fuite, la junte guinéenne accuse le chef de la diplomatie française et les services secrets français d'avoir voulu préparer un coup d'État. Une enquête mandatée par le secrétaire général de l'O.N.U. sur la répression du 28 septembre qualifie les faits de « crimes contre l'humanité » et en désigne les responsables : Moussa Dadis Camara et ses proches.
Le général Diarra Camara, chef d'état-major sous le régime de Conté, est arrêté le 13 juin et accusé, avec vingt autres personnes, d'avoir pris part à un trafic de stupéfiants. Au début du mois d'août, les autorités de Conakry demandent à l'Office des Nations unies contre la drogue et le crime d'enquêter sur six usines suspectes dans la capitale. La Guinée est en effet depuis longtemps considérée comme une importante plaque tournante de la drogue entre l'Amérique du Sud et l'Europe.
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