Parfois confondu avec Guillaume de Seignelay, évêque de Paris (mort en 1223), Guillaume d'Auxerre, maître en théologie, enseigne à l'université de Paris ; il porte le titre d'archidiacre de Beauvais, qu'il doit à l'amitié d'un évêque. Par là, il illustre cette fédération canoniale qui, au cœur du royaume capétien, s'étend de Reims à Rouen et d'Amiens à Bourges ; il fera d'ailleurs entrer un autre Burgundus dans son propre chapitre : Guillaume de Saint-Amour. Il fait probablement un premier voyage à Rome sous Honorius III et un second, en 1229, pour régler le conflit du gouvernement de Blanche de Castille avec les maîtres et étudiants parisiens qui en appellent à Grégoire IX. Guillaume est « procurateur » de la bulle Parens scientiarum du 13 avril 1231, charte de l'université de Paris, et membre de la commission chargée par le pape d'examiner les livres d'Aristote afin de savoir ce qui pourrait en être retenu dans l'enseignement de la théologie. Il meurt à Rome.
Guillaume d'Auxerre est incontestablement l'auteur de deux ouvrages : la Summa de officiis ecclesiasticis et la Summa Aurea, somme théologique qui reproduit l'enseignement de Guillaume à l'université de Paris et dont la date probable de composition se situe entre 1215 et 1229. La Summa de Bono de Philippe le Chancelier et le manuel dénommé Summa duacensis, ainsi que la pensée de toute la décennie suivante, lui doivent beaucoup.
La Summa Aurea est importante à cause de sa très grande diffusion : de nombreux manuscrits en ont été conservés, et aussi des abrégés : Herbert d'Auxerre, Ardengus, entre autres. Il en existe trois éditions anciennes : celle de Philippe Pigouchet corrigée par Guillaume de Quercu (Paris, 1500) ; celle de François Régnault (Paris, 1500) ; celle de Venise (1591). On a défini cette somme « als das grösste, genialste und einflussreichste Summenwerk » des trente premières années du xiiie siècle. Elle comprend quatre livres, précédés d'une préface sur la nature de la théologie comme science et sur les rapports […]
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