3. Histoire des concepts, histoire des objets biologiques
Mais, en matière d'histoire des sciences, on peut choisir une échelle macroscopique des sujets étudiés. De ce point de vue, on peut dire que Canguilhem a mené trois grandes enquêtes. La première concerne le système d'émergence des objets de la biologie : la vie comme animation, la vie comme mécanisme, la vie comme organisation et la vie comme information. Les différentes versions du thème des générations spontanées, qui s'enracinent dans un mythe relatif à l'origine de la vie, offrent un bon exemple d'obstacle à son intelligence. La deuxième enquête concerne le système d'apparition des principes constitutifs de la physiologie comme discipline scientifique. D'un côté, il s'agit d'analyser les différents styles de la recherche : une science baroque au xviiie siècle, une science de type expérimental au xixe siècle. De l'autre, il s'agit de décrire les conditions de possibilité techniques et conceptuelles d'un savoir rationnel. Enfin, il s'agit d'examiner les problèmes majeurs de la physiologie au xixe siècle. Quant à la troisième enquête, elle concerne le système de construction d'une médecine scientifique. Des nécessités d'ordre pratique entraînent, en matière de médecine opératoire, la construction de modèles renvoyant eux-mêmes à ce que Canguilhem nomme des idéologies scientifiques. Or ces dernières doivent être à la fois séparées et liées au présent de la science. Séparées, parce que le mode de solution qu'elles peuvent offrir au problème de l'étiologie reste incomparable, dans son champ et dans ses concepts, avec la science pastorienne. Liées au présent de la science, dans la mesure où elles constituent des étapes épistémologiquement nécessaires à sa constitution. Mais Canguilhem montre qu'il fallait une révolution dans la chimie et le détour pastorien par la cristallographie pour que la chimiothérapie tienne la promesse de l'idéologie.
À l'époque où Merleau-Ponty constatait que « les discussions autour du mécanisme et du vit […]
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