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GÉNOMIQUE Génomique et cancérologie

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2.   La carte d'identité des tumeurs et les tumorothèques

La transformation tumorale est liée à l'accumulation d'altérations génétiques et épigénétiques dont la plupart sont acquises par les cellules tumorales et transmises pardivision cellulaire. Ces altérations confèrent aux cellules des fonctions telles que l'immortalisation, la prolifération autonome et l'inhibition des programmes de mort cellulaire qui, associées aux capacités d'angiogenèse, d'invasion et de migration, sont responsables du développement des tumeurs. Or, les relations fonctionnelles sous-tendant les réseaux qui lient les produits des gènes sont complexes et varient en fonction de la spécialisation cellulaire ; c'est pourquoi des anomalies de nombreux gènes différents peuvent aboutir à des conséquences fonctionnelles identiques.

Le développement de la tumeur se fait en outre dans le contexte d'une instabilité génétique variable d'une tumeur à une autre et d'un moment à un autre de son histoire naturelle. L'analyse détaillée du développement tumoral montre donc l'émergence de sous-clones dont la nature est soumise à des processus de sélection effectués sous la contrainte des relations que la tumeur développe avec l'hôte qui la porte. La carte d'identité tumorale, répertoire de tous les événements génétiques et épigénétiques indispensables au développement d'une tumeur donnée, traduit ces phénomènes biologiques complexes.

L'analyse détaillée des cartes d'identité tumorales montre qu'elles comportent des signatures corrélées aux paramètres histopathologiques, biologiques ou cliniques. Cette constatation fondatrice ouvre deux voies de recherche complémentaires. L'une, fondamentale, veut comprendre quelles sont les lois qui façonnent le répertoire des altérations génétiques et épigénétiques des tumeurs. Cette démarche, qui s'inscrit dans l'analyse de la complexité biologique, réclame une coopération étroite entre biologistes, physiciens et mathématiciens, capables d'aborder les problèmes de la modélisation d […]

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GÉNOMIQUE

Écrit par :  Jean DAUSSET

S'il y a une branche de la science où les chercheurs de notre génération ont dû complètement se recycler, c'est bien celle de la biologie moléculaire. En effet, l'irruption de celle-ci dans les laboratoires de recherche médicale a provoqué une véritable révolution conceptuelle et technique. Ceux qui avaient été formés à la recherche alors qu'elle… Lire la suite
GÉNOMIQUE - Théorie et applications

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Avec la fin du xxe siècle, le génie génétique est entré dans sa maturité. Les techniques de base, définies dans le courant des années 1960, se sont perfectionnées, simplifiées et en partie automatisées. Les plus importantes sont : le clonage de gènes, l'amplification de gènes (PCR, pour Polymerase Chain Reaction), la… Lire la suite
GÉNOMIQUE - Le séquençage des génomes

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Depuis le début des années 1960, il est possible de fusionner des cellules somatiques entre elles. Ce mode de croisement est bien distinct de celui qui s'opère lors de la reproduction sexuelle. Il constitue néanmoins une approche alternative et très fructueuse de la génétique moderne humaine. En 1960, Georges Barski et ses collaborateurs à… Lire la suite
GÉNOMIQUE - La transgenèse

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GÉNOMIQUE - Génome artificiel

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Le 20 mai 2010, des chercheurs du John Craig Venter Institute aux États-Unis ont publié en ligne, sur le site Internet de la revue américaine « Science », un article intitulé « Création d'une cellule bactérienne contrôlée par un génome synthétisé chimiquement ». Il ne s'agit pas de vie ou de cellule synthétique comme on l'a souvent lu dans les… Lire la suite
BIOLOGIE - Les pratiques interventionnelles

Écrit par :  François GROS

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BIOLOGIE - La bio-informatique

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BIOTECHNOLOGIES

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Dans le chapitre "Les biotechnologies vertes"  : …  aux herbicides, aux infections virales, fongiques ou bactériennes, identifiés grâce au progrès de la* génomique, sont utilisés pour transférer aux plantes ces mêmes propriétés de résistance. C'est en 1985 que les premiers essais en champ de plantes transgéniques ont eu lieu aux États-Unis. Il s'agissait d'un tabac résistant à un insecte grâce au… Lire la suite
CANCER - Cancer et santé publique

Écrit par :  Maurice TUBIANA

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CHIMIE - La chimie aujourd'hui

Écrit par :  Pierre LASZLO

Dans le chapitre "Évolution moléculaire"  : …  Depuis la fin du xxe siècle, ce champ disciplinaire a entièrement basculé –  *génomique oblige – vers l'analyse comparée des acides nucléiques de divers organismes. Il associe aujourd'hui génomique, outils moléculaires et logiciels informatiques. Pour établir les arbres phylogénétiques (généalogie des espèces), le matériel de… Lire la suite
CYTOGÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE

Écrit par :  Simone GILGENKRANTZ

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GÉNÉTIQUE

Écrit par :  Axel KAHNPhilippe L'HÉRITIERMarguerite PICARD

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GÉNOME NÉANDERTALIEN

Écrit par :  Eva-Maria GEIGLThierry GRANGEBruno MAUREILLE

Paléoanthropologues *et biologistes de l'évolution humaine ont assisté en 2010 au déchiffrage d'une partie du génome néandertalien. Cette lignée humaine, qui a peuplé l'Asie de l'Ouest et l'Europe pendant 400 000 ans, a disparu il y a environ 30 000 ans. Elle est… Lire la suite
HÉRÉDITÉ

Écrit par :  Charles BABINETLuisa DANDOLOJean GAYONSimone GILGENKRANTZ

Dans le chapitre "Organisation des génomes"  : …  Les *gènes, quelles que soient leurs variantes alléliques, étant situés en un point précis du chromosome, appelé locus, il a été possible d'établir la carte du génome humain. Elle peut être consultée sur des bases de données informatisées comme genatlas ou the genome database. De plus, comme de nombreux gènes ont été… Lire la suite
PHYLOGÉNOMIQUE

Écrit par :  Gabriel GACHELIN

Dans le chapitre "Bio-informatique et phylogénomique"  : …  Tout *autre est la situation créée par la possibilité de comparer des génomes entiers ou un grand nombre de gènes. Une solide bibliothèque de génomes complets et de gènes isolés s'est constituée à partir d'un grand nombre d'organismes différents et s'enrichit à chaque nouveau séquençage. L'acquisition d'une telle quantité de données est devenue… Lire la suite
PLASTES

Écrit par :  Roger BUVATGérard LEDOIGT

Dans le chapitre "Cartographie de l'ADN plastidial"  : …  *L'utilisation d'endonucléases et la séparation électrophorétique des fragments de restriction ont permis de mettre en évidence des séquences répétées de l'ADN chloroplastique. Ces régions contiennent les opérons ribosomiques. Chez la plupart des plantes supérieures et chez Chlamydomonas, on trouve deux régions répétées, arrangées… Lire la suite
PROGRAMME GÉNÉTIQUE

Écrit par :  Corinne ABBADIE

… mesure où l'état de conservation des restes permet d'extraire au moins une petite partie du génome. *Au sein d'un individu, toutes les cellules possèdent le même génome car elles proviennent de la division d'une seule et même cellule d'origine : l'œuf dont elles ont reçu leur contenu chromosomique. Néanmoins, il existe un grand nombre de types… Lire la suite
PROTÉINES INFORMATIONNELLES

Écrit par :  Patrick FORTERRE

… *Depuis le premier séquençage complet du génome d'un organisme cellulaire (la bactérie Haemophilus influenzae), en 1996, les patrimoines génétiques de plus de cinquante micro-organismes, de trois animaux et d'une plante ont été décryptés. La comparaison de tous ces génomes a confirmé la division du monde vivant en trois domaines (proposée… Lire la suite
RÉTROTRANSCRIPTION DE L'ADN

Écrit par :  Nicolas CHEVASSUS-au-LOUIS

  *À la fin des années 1960, la biologie moléculaire, alors jeune discipline, entre dans ce que l'historien Michel Morange a appelé sa « traversée du désert ». Les connaissances sont alors résumées par le « dogme central » énoncé par Francis H. C. Crick, qui veut que l'information aille uniquement de l'ADN (acide… Lire la suite
SLONIMSKI PIOTR (1922-2009)

Écrit par :  Bernard DUJON

…  équipe, alors installés dans de nouveaux laboratoires du C.N.R.S. à Gif-sur-Yvette, découvrent que *les mitochondries, organites intracellulaires jouant un rôle primordial dans la respiration cellulaire, possèdent leur propre génome. Il se lance alors dans l'élucidation de la nature et du contenu génétique de ce nouveau génome alors inconnu mais… Lire la suite
VARIATION, biologie

Écrit par :  Jean GÉNERMONT

Dans le chapitre "Déterminations précises de séquences"  : …  de nombreuses substitutions, pertes et additions de nucléotides, sans effets phénotypiques connus. *La connaissance des séquences complètes des matériels génétiques de différentes espèces fournit désormais une référence à laquelle peuvent être comparées des séquences partielles obtenues sur un nombre plus ou moins élevé d'individus, d'où la… Lire la suite
VENTER JOHN CRAIG (1946- )

Écrit par :  Gabriel GACHELIN

…  qui s'oppose à cette appropriation des séquences du vivant. Il quitte alors le N.I.H. en 1992 *pour fonder une société privée d'études en génomique, le T.I.G.R. (The Institute for Genomic Research). C'est là qu'est effectué, dès 1995, le premier séquençage complet d'une bactérie, celui d'Haemophilus influenzae. Après avoir quitté le T… Lire la suite
VIROLOGIE

Écrit par :  Sophie ALAINMichel BARMEFrançois DENISLéon HIRTH

Dans le chapitre " Virologie moléculaire : le génome viral"  : …  biologique unique, et leur classification ne doit pas tenir compte de l'hôte qu'ils infectent. *L'organisation générale d'un virus simple comporte essentiellement un génome constitué par un acide nucléique (ADN ou ARN), porteur d'une information génétique spécifique. Ce génome est protégé par un système de sous-unités protéiques dont l'… Lire la suite
WEISSENBACH JEAN (1946- )

Écrit par :  Bernard DUJON

…  il prend la direction du laboratoire du C.N.R.S. des maladies génétiques humaines au Généthon. *En 1997, il devient directeur général du Génoscope-Centre national de séquençage (C.N.S.) qui venait d'être créé pour permettre à la France de participer au séquençage du génome humain et de développer les recherches en génomique. Auteur de plus de… Lire la suite

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Microsystèmes : la puce à ADN Micam 8100

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