Né dans un castillo (gentilhommière campagnarde), Javier en Navarre, François (Francisco de Yasu y Javier) était le sixième enfant d'un docteur en droit de l'université de Bologne, employé au service du souverain français Jean d'Albret. Deux de ses frères se compromirent dans les troubles militaires qui précédèrent l'annexion de la Navarre à l'Espagne ; en représailles, sa demeure fut démantelée. Comme tant de cadets de famille, il fut destiné de bonne heure à occuper une prébende ecclésiastique à la cathédrale voisine de Pampelune. Le docteur Navarro, son aîné de douze ans, dit qu'il « était doux, aimable, poli, gai, plaisant même, d'une singulière pénétration d'intelligence, curieux d'apprendre, jaloux d'exceller en tout ce qui fait le gentilhomme accompli, de sorte que, cher à tous les siens, il ravissait dès l'abord ceux qui ne l'avaient jamais vu : péril redoutable auquel il n'eût point échappé sans le don d'une naturelle réserve, d'une virginale pudeur que tous admiraient en lui ».
À dix-huit ans, après une sommaire éducation, il se décida à aller quérir des degrés universitaires à Paris, qui abritait les courants les plus variés de la Renaissance humaniste. Il y retrouvait les réfugiés de la petite dynastie française de Navarre. Dans le collège de Montaigu, il fut gagné par le Savoyard Pierre Favre à la conduite spirituelle d'un grand « mouleur d'hommes », le Basque Inigo (Ignace) de Loyola. Renonçant à la carrière ecclésiastique, il s'adjoignit, le 15 août 1534, au petit groupe des futurs fondateurs de la Compagnie de Jésus. Il fut reçu le vingt-deuxième à l'examen de licence en 1530 et, grâce aux démarches de Loyola, pourvu d'une chaire de régent au collège Saint-Jean de Beauvais ; il y eut pour commensal un poète de Marguerite de Navarre, Nicolas Bourdon.
En novembre 1536, âgé de trente ans, il quittait Paris à destination, croyait-il, de la Terre sainte. En fait, avec les autres compagnons, il gagna Rome, obtint du pape Paul III un indult pour l'ordination de prêtrise et c […]
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