3. La conquête de l'empire incaïque (1531-1535)
De retour à Panamá avec ses frères, Pizarro repartit vers le sud avec trois navires et cent quatre-vingt-cinq hommes en janvier 1531. Après avoir pris Túmbez et reçu des renforts commandés par Hernando de Soto et Belalcázar, il fonda la ville de San Miguel de Piura, pour couvrir ses communications avec Panamá, et commença à distribuer à ses hommes des encomiendas d'Indiens soumis (1532).
Au moment où débarquait Pizarro, l'empire incaïque sortait à peine de la guerre civile qui avait opposé les héritiers de l'Inca Huayna Capac : Huascar et Atahualpa ; ce dernier l'avait difficilement emporté. Reprenant la stratégie de Cortés, Pizarro décida de pénétrer jusqu'au cœur de l'empire pour y rencontrer Atahualpa et l'inviter à reconnaître la souveraineté de Charles Quint. Il franchit la cordillère sans que les Indiens aient tenté de l'arrêter – l'Inca pensait peut-être utiliser l'alliance des Espagnols contre les derniers partisans de Huascar – et atteignit Cajamarca, où résidait Atahualpa au milieu de son armée. Pizarro invita l'empereur à lui rendre visite et, le lendemain, l'attaqua par surprise, dispersa ses guerriers et le captura (16 nov. 1532). Le guet-apens de Cajamarca régla en moins d'une heure la destinée de l'empire. Pizarro tira de son prisonnier une fabuleuse rançon (plus d'un million de pesos d'or et des milliers de marcs d'argent), dont les hommes d'Almagro, arrivés après le coup de main, n'eurent que des miettes. Il fit ensuite exécuter l'Inca après un simulacre de procès, en juin 1533.
Tandis que son frère Hernando allait porter en Espagne la part de butin revenant au roi, Pizarro, poussant vers l'intérieur, fondait Jauja et procédait à de nouvelles distributions d'encomiendas : le 15 novembre 1533, il entra enfin au Cuzco, capitale de l'empire. Restait à consolider la victoire : Pizarro confia le pouvoir impérial à un des frères d'Atahualpa, Manco Capac, afin de gouverner l'empire à travers lui. Almagro et Belalcázar occupèrent Quito pour prévenir l'expédition conduite depuis la côte par Pedro de Alvarado, dont ils achetèrent la retraite à prix d'or (1534). En janvier 1535, la fondation de Lima, capitale nouvelle, mieux située que le Cuzco pour les liaisons avec Panamá et l'Espagne, marquait l'achèvement de la conquête du Pérou.
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