3. L'apologète du judaïsme
Après La Guerre (75 ?), Josèphe entreprit d'écrire toute l'histoire de son peuple depuis les origines jusqu'à la veille du conflit avec Rome, dans un vaste ouvrage en vingt livres, Les Antiquités juives. Il s'agissait de démontrer que ce peuple vaincu et donc décrié était d'une très haute antiquité (ce qui était synonyme de noblesse) et possédait de grands hommes. Dans la première partie (I à X), Josèphe suit de près les récits bibliques, mais les modifications qu'il y apporte laissent entrevoir l'apport de toute une tradition orale, que l'on retrouve plus tard dans le midrash. On y décèle également quelques explications rationalistes (par exemple à propos du passage de la mer Rouge) destinées à son public romain ou grec. Dans la seconde partie (XI à XX), qui correspond pour l'auteur à de l'histoire moderne et contemporaine, il suit d'abord le livre I des Maccabées, puis il développe le règne des derniers Hasmonéens, celui d'Hérode, l'ère des procurateurs dont il avait été question plus brièvement au début de La Guerre. Sur cette période, il est notre seule source, ce qui explique l'importance historique de son œuvre. Au chapitre xviii des Antiquités apparaît un bref passage relatif à Jésus connu sous le nom de Testimonium Flavianum. C'est à lui sans doute que l'œuvre de Josèphe doit sa survie, puisque l'Église a pu la considérer de ce fait comme une sorte de « cinquième Évangile ». Cependant, il ne fait aucun doute aujourd'hui que ce passage (comme on a commencé à le soupçonner dès le xvie siècle) constitue, sinon dans sa totalité, du moins partiellement, une interpolation due à une main pieuse.
Dans une autre œuvre plus clairement apologétique, le Contre Apion, Josèphe répond à une série d'écrits alexandrins qui répandaient des calomnies sur les origines et les mœurs des Juifs. Ce faisant, il a transmis à la postérité les noms de ces calomniateurs (dont Apion) et quelques extraits de leurs récits.
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