2. Variations du cycle chez les fougères
• Sporophyte et gamétophyte
L'alternance sporophyte-gamétophyte décrite chez la fougère-mâle se retrouve dans l'ensemble des fougères.
Le sporophyte présente une grande variation morphologique : frondes entières (Asplenium nidus, Scolopendrium vulgare, Camptosorus), lobées ou diversement découpées (Polypodium vulgare, Pteridium aquilinum, Osmunda regalis, Botrychium virginianum), parfois très finement (Trichomanes longisetum) ; dimorphes (Platycerium) ; flottantes et entières chez Salvinia natans ; à quatre folioles chez Marsilea.
Le sporophyte est habituellement vivace ; les frondes sont portées le plus souvent par une tige très courte ou un rhizome (nombreuses Filicales), exceptionnellement par un tronc (fougères arborescentes : Cyathéacées) ; il est rarement annuel (Anogramma). Cependant, les frondes sont quelquefois annuelles (Dryopteris filix-mas, Pteridium aquilinum).
Le gamétophyte est en général épigé, chlorophyllien, persistant longtemps (Marattiales, Osmondales) ou éphémère (Filicales) ; chez les Ophioglosses, il est souterrain et incolore. Les fougères aquatiques ont des gamétophytes très réduits, se développant dans les spores, et unisexués (hétéroprothallie). Les spores submergés sont enfermés dans des organes clos, les sporocarpes, constitués par un lobule foliaire (Marsilea) ou par l'indusie (Salvinia). L'hétéroprothallie engendre l'hétérosporie avec macro- et microspores.
Les cellules des gamétophytes ou des racines des sporophytes de diverses fougères renferment des champignons symbiotiques, les rhizomycètes, qui jouent un rôle dans leur nutrition (mycotrophie). Cette symbiose est de règle pour des familles entières telles qu'Ophioglossacées, Marattiacées et Gleichéniacées. Elle est facultative chez de nombreuses fougères selon les circonstances ou limitée à un stade du développement (sporophytes mycotrophes des Osmondacées). À cet égard, il faut remarquer que les groupes de fougères les plus primitifs sont aussi ceux où la mycotrophie est de règle.
Les Azolla hébergent dans des cavités de leurs feuilles des cyanobactéries symbiotiques, Anabaena azollae, et des bactéries fixatrices d'azote des genres Pseudomonas et Azotobacter.
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