4. La Wallacea
Si les affinités néarctiques de la région paléarctique et éthiopiennes de la région orientale sont difficilement contestables, celles des îles situées à l'est de Bornéo et de Java semblent beaucoup moins évidentes et font, depuis le xixe siècle, l'objet d'ardentes discussions entre biogéographes (A. R. Wallace, M. Weber...) désireux de tracer une frontière nette entre la faune orientale et la faune australienne.
En ce qui concerne les Oiseaux, le nombre des formes indo-malaises diminue progressivement en allant vers l'est, tandis que celui des formes australo-papoues augmente. Chez les Reptiles, les représentants de la région orientale dominent nettement et atteignent même la Nouvelle-Guinée, alors qu'un nombre infime d'espèces australo-papoues a pu s'étendre vers l'ouest. Pour les poissons d'eau douce, la limite entre formes indo-malaises et australiennes est extrêmement nette et passe entre Bornéo et Célèbes, puis entre Java et Bali. Le peuplement mammalien a été très perturbé par l'homme qui a transporté d'île en île de nombreuses espèces (macaques, civettes, porcs-épics, cerfs et sangliers, Rongeurs et musaraignes).
Toutefois, quelques Marsupiaux se retrouvent jusqu'à Célèbes (phalangers) ainsi qu'aux îles Aru (kangourous, rat marsupial).
Finalement et bien qu'elle ait été à maintes reprises contestée, il semble que la ligne dite de Wallace (du nom du naturaliste anglais A R. Wallace, 1823-1913) constitue à l'est la frontière la plus acceptable de la région orientale. L'origine du peuplement animal des îles comprises entre cette ligne et la Nouvelle-Guinée et l'Australie n'est pas expliquée pour autant. Et la présence dans cette région, connue sous le nom de Wallacea, d'un certain nombre de formes très originales (en particulier à Célèbes où vivent deux espèces de singes, un Bovidé, l'anoa, un Suidé, le babirussa, un écureuil et une civette endémiques ; à Florès et Komodo également, où se trouve un varan, géant du monde des lézards) ne rend ses affinités que plus contestables.
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