Élève d'Adolf von Baeyer, l'Allemand Emil Hermann Fischer (1852-1919) soutient à Strasbourg une thèse en partie consacrée à l'étude d'hydrazines, ce qui l'amène à étudier ultérieurement les sucres (glucides), à Würzburg, en 1888. Après avoir montré la structure aldéhydique du glucose, il synthétise, en 1901, des phénylhydrazones et osazones, composés cristallisables donc faciles à purifier et caractériser. Il démontre ensuite la relation d'isomérie existant entre le glucose, le fructose et le mannose. Pour établir l'organisation stéréochimique moléculaire des sucres, il fait appel à la théorie du carbone tétravalent de Jacob van t'Hoff et Joseph Le Bel (1874). Les synthèses du glucose, du fructose et du mannose à partir du glycérol couronneront ses travaux sur les sucres.
S'attaquant ensuite aux peptides, il découvre, en 1902, les modalités de la liaison entre les acides aminés qui les constituent (c'est la liaison peptidique R-CO-NH-R'). Passant ensuite aux protéines, il interprète la spécificité d'action des protéines-enzymes par la complémentarité stéréochimique enzyme-substrat (métaphore de la clé et de la serrure).
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