Après avoir étudié la médecine à Clermont-Ferrand et à Paris et tenu un poste d'aide de clinique à l'Hôtel-Dieu, Émile Roux s'initie à la pratique médicale auprès des malades, et à la chimie biologique dans le laboratoire de l'hôpital. Collaborateur de Pasteur, le chimiste Émile Duclaux fait appel à Roux comme clinicien pour l'étude des maladies virulentes menée à l'École normale.
Bientôt conquis par les idées de Pasteur, Roux devient son fidèle disciple. Son nom est associé à celui de son maître dans les publications qui devaient suivre la découverte des virus-vaccins, et, en premier lieu, celle de la vaccination des moutons contre le charbon. Il prend ensuite une part très active aux recherches sur l'atténuation du virus rabique. L'immense succès de la prophylaxie de la rage dépasse les plus belles espérances. Une souscription est ouverte, qui permet l'édification de l'Institut Pasteur (1888).
Tandis que l'Institut Pasteur commence à rendre d'immenses services pour l'étude et le traitement de la rage, Roux s'oriente résolument vers les recherches d'immunité par les substances solubles contenues dans les cultures bactériennes. Dans trois mémoires parus dans les Annales de l'Institut Pasteur, en 1888, 1889 et 1890, en collaboration avec Yersin, il annonce qu'il a découvert une substance toxique dans les filtrats des cultures du bacille de Klebs et Loeffler : la toxine diphtérique. C'est une découverte capitale. Dès ce moment, il pense à l'utilisation thérapeutique de ces toxines qui immunisent les animaux, et il souligne leur analogie avec les enzymes. En outre, il constate qu'on peut atténuer leur toxicité. Puis il fixe les règles du diagnostic bactériologique de la diphtérie et, bien qu'aucune thérapeutique spécifique ne puisse encore être appliquée, il insiste sur la nécessité d'un diagnostic précoce. Enfin, il signale, pour la première fois, l'existence de porteurs sains de bacille diphtérique parmi les personnes guéries.
Mais deux événements arrêtent les travaux de Roux […]
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