Le pape Paul III concède, en 1541, à la Compagnie de Jésus (approuvée en 1540) la petite église de Santa Maria della Strada, à Rome. Quelques années plus tard, on décide de construire un nouvel édifice dédié au saint nom de Jésus, l'église du Gesù, dont Giovanni di Bartolommeo Lippi dit Nanni di Baccio Bigio donne les plans. La première pierre est posée en 1550, en présence de saint Ignace et de saint François Borgia. Mais des difficultés surgissent, et l'on demande à Michel-Ange un nouveau dessin qui ne sera pas non plus réalisé : une troisième cérémonie de pose de la première pierre a lieu en 1568. Le cardinal Alexandre Farnèse assume les frais de l'entreprise. Le projet est dû à Vignole, assisté de l'architecte de la Compagnie. Mais en 1571, lors du commencement des travaux pour la façade, on repousse les plans de Vignole pour adopter ceux de Giacomo della Porta. L'inauguration de l'église a lieu en 1575, pour l'année sainte, alors que la couverture n'est pas encore achevée. L'édifice ne sera consacré qu'en 1584.
L'église, telle qu'elle est réalisée, offre un plan en croix latine, avec un transept à peine saillant dont une coupole couvre la croisée. La nef ne comporte qu'un seul vaisseau bordé de trois chapelles couvertes de coupolettes. De chaque côté de la travée du chœur s'ouvrent deux chapelles-oratoires utilisées par les pères jésuites pour leurs adorations journalières. La nef et le chœur sont rythmés par des pilastres à l'antique dont l'entablement supporte une voûte en berceau éclairée par des fenêtres hautes. Des tribunes donnant sur la nef s'intègrent avec les chapelles dans la hauteur de l'ordre. La façade, suivant le dessin de Giacomo della Porta, est divisée en deux niveaux scandés par des pilastres ; des consoles renversées amortissent la différence de largeur des deux parties.
Le décor intérieur est tout d'abord très limité, seule la coupole étant ornée de peintures dues à Giovanni de Vecchi. Sur la voûte de la nef, la fresque représentant Le Triomphe du nom de Jésus ne sera réalisée que dans la deuxième moitié du xviie siècle par Gaulli dit le Baciccia. À cette époque Gaulli décore également à fresque les chapelles du transept, et donne le dessin des stucs qui seront exécutés par Ercole Antonio Raggi et Leonardo Reti. Gaulli y réussit la synthèse entre le coloris lumineux de son maître Pierre de Cortone et l'ampleur théâtrale du Bernin. L'architecture de cette église a été maintes fois reprise dans tout l'Occident. On a voulu en faire le prototype d'un style nouveau : le style jésuite. Cette notion paraît peu appropriée car, si l'on retrouve dans nombre d'églises de collèges la même organisation de l'espace qui répond aux besoins de la Compagnie, le type de la façade s'est diffusé bien au-delà de l'ordre ; les Jésuites ne se sont nullement limités à répéter la formule du Gesù, mais ont su utiliser librement toutes sortes de style.
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