2. L'organisation interne
Elle est conditionnée par un cœlome fort complexe, variable avec les groupes. Il existe toujours un cœlome proprement dit, ou cavité générale, renfermant un liquide riche en amibocytes. De ce cœlome dérivent le système ambulacraire, le système sinusaire, l'appareil hémal ou lacunaire.
• Système ambulacraire
Provenant d'une vésicule cœlomique, l'hydrocœle, il comprend un anneau oral qui entoure l'œsophage ; de cet anneau divergent 5 canaux ambulacraires radiaires disposés au milieu des radius, sous le derme. Ces canaux s'étendent jusqu'à l'extrémité des bras chez les espèces dotées de bras, ou jusqu'à l'appareil apical chez les Oursins ; ils se terminent en cul-de-sac. Ces canaux émettent des canalicules latéraux qui traversent le test et constituent des vésicules érectiles en rapport avec les ambulacres. De l'anneau oral part un canal, le tube aquifère (tube hydrophore ou canal du sable, parois incrustées de pièces calcaires) qui débouche à l'extérieur par les pores de la plaque madréporique ; à cet effet, l'extrémité du tube aquifère se ramifie en canalicules, chacun aboutissant à ces pores. L'appareil ambulacraire renferme un liquide dont la composition est voisine de celle de l'eau de mer. L'eau de mer pénètre par les pores madréporiques et il s'établit un courant d'eau de dehors en dedans. Des dispositifs valvulaires retiennent le liquide dans les ambulacres et assurent leur turgescence. Les ambulacres se terminent souvent par une ventouse qui assure l'adhérence aux rochers. Les Échinodermes se déplacent même sur des surfaces verticales grâce à leurs ambulacres.
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