4. La réunion du duché au royaume de France
En 1477, à la mort de Charles le Téméraire, Louis XI fit entrer ses troupes en Bourgogne, sous prétexte d'abord de défendre les droits de sa filleule, Marie de Bourgogne. Puis, modifiant sa position, il réclama la réunion du duché à la Couronne, affirmant que, comme apanage, il devait faire retour au roi en l'absence d'héritier mâle. Les troupes royales occupèrent d'abord Dijon, puis le reste du pays. Mais, très vite, une révolte générale éclata : Dijon fut secoué par une « mutemaque » ; il fallut assiéger Beaune et Auxonne, soumettre l'Auxois et le Charolais. Le traité de Senlis (1493) rendit le Charolais et la Franche-Comté à la maison de Bourgogne, mais laissa le duché à Charles VIII. Charles Quint continua cependant à le revendiquer ; il obtint de François Ier, fait prisonnier à Pavie, une promesse de restitution (1526), mais le roi parvint à jouer du refus opposé par les états à une telle restitution, et Charles Quint renonça à ses droits par le traité de Crépy.
Tirant parti de ces difficultés, les Bourguignons avaient réussi à arracher au roi d'importantes concessions : la confirmation du privilège de 1361, la création (à la place des « grands jours », du conseil ducal et de la cour d'appel) d'un parlement souverain (déjà institué par Charles le Téméraire) qui fut transféré de Beaune à Dijon. Les états de Bourgogne se maintinrent, obtenant au cours du xvie siècle de se réunir tous les trois ans pour voter les impôts – ce qui leur permit de préserver le duché des impôts indirects, la gabelle exceptée.
Des gouverneurs représentaient le roi dans le duché. Leur action ne fut pas négligeable. En 1513, La Trémoille fit lever le siège que les Suisses avaient mis devant Dijon. En 1536, la Bresse et le Bugey ayant été conquis sur le duc de Savoie, l'amiral Chabot rattacha ces provinces à son gouvernement et aux cours souveraines de Dijon (mais non aux états) ; cette réunion, annulée en 1559, fut renouvelée après la conquête de ces pays par Henri IV (1601). Les Guises, qui succédèrent à Chabot, jouèrent un rôle important lors des guerres de Religion.
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