Venu à Paris étudier la théologie, Louis Daubenton se passionne pour l'histoire naturelle. Docteur de la faculté de médecine à Reims, il s'installe à Montbard, sa ville natale. Son compatriote Buffon, à la recherche d'un anatomiste pour collaborer à l'Histoire naturelle, le fait nommer, en 1745, démonstrateur d'anatomie au Jardin du roi. Il devient, en 1750, conservateur au Cabinet d'histoire naturelle, et pendant cinquante ans il en enrichit les collections. C'est ainsi qu'il est chargé par Buffon, en 1767, de constituer une collection de minéraux.
Sa participation à l'Histoire naturellecesse après la publication des premiers volumes (à partir de 1749), lorsqu'il constate que ses descriptions anatomiques ne lui sont pas toujours attribuées, et que son texte est souvent modifié parce que Buffon n'en apprécie pas le style.
Daubenton cherche à lier l'organe à sa fonction, à comparer le même organe chez différents animaux ou les différents types d'organes chez un même animal. Ainsi, il ne se contente pas d'analyser la patte du cheval ; il la confronte à la jambe de l'homme pour préciser les analogies, afin de « mieux comparer tous les animaux les uns […]
