À l'origine (1511), le Conseil des Indes (Consejo de Indias) est une simple commission espagnole destinée à contrôler l'administration des nouvelles colonies, les Indes occidentales, c'est-à-dire l'Amérique. Le Conseil est défini en 1524, après la conquête du Mexique : il comprend huit conseillers qui, sous la présidence royale, préparent les lois et les ordonnances destinées à l'Amérique, donnent leur forme légale aux dispositions de la Couronne, rédigent la correspondance administrative, proposent les candidats aux postes de fonctionnaires coloniaux (que le roi nomme ensuite) et enfin se constituent en haute cour de justice pour lesdits fonctionnaires. C'est à la fois un ministère et beaucoup plus que cela. Composé généralement des anciens vice-rois et autres grands fonctionnaires coloniaux, le Conseil des Indes est devenu un groupe de pression, un « lobby colonial », défendant parfois une politique et des intérêts qui ne sont pas ceux de la Couronne.
Au xviiie siècle, dans le cadre des grandes réformes administratives décidées par les Bourbons d'Espagne, un ministère des Indes a été créé pour affaiblir le Conseil.
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