3. Classification
La systématique des Ciliés est entièrement fondée sur l'infraciliature. Les méthodes d'investigation modernes (imprégnation par l'argent, microscopie électronique) sont en train de bouleverser de fond en comble nos conceptions sur ce sujet. On exposera donc une classification provisoire. Les Ciliés Holotriches sont les plus simples et les plus primitifs. Ils sont recouverts de cils non différenciés en membranelles ou cirres. Parmi les Holotriches, on distingue les Gymnostomes, Ciliés à bouches dépourvues d'infraciliature orale spécialisée (les Rhabdophores ont l'ouverture buccale antérieure tandis que les Cyrtophores possèdent une bouche ventrale armée d'une puissante nasse). Les Trichostomes sont des Ciliés un peu plus évolués, ayant acquis une invagination buccale garnie de cils. Enfin, les plus évolués parmi les Holotriches sont les Hyménostomes dont la bouche s'ouvre souvent au fond d'un cytopharynx, avec une ciliature orale complexe, constituée par des péniculi ou par des membranelles (au nombre de quatre chez les Tétrahyméniens).
Aux Holotriches sont encore assimilés des Ciliés parasites, les Thygmotriches et les Astomes et Apostomes, sans bouche, ainsi que les Suctorida (Acinétiens), animaux très différenciés ayant perdu la ciliature et ayant acquis des tentacules, bien que les embryons migrateurs de ces formes soient ciliés. Un deuxième groupe est celui des Péritriches, Ciliés fixés par un pédoncule et ayant perdu leur ciliature (à l'exclusion d'une double frange qui entoure l'ouverture buccale). En troisième lieu se placent les Spirotriches, formes très évoluées caractérisées par la présence d'une frange de puissantes membranelles adorales qui entourent le péristome. On y distingue des Hétérotriches (à ciliature normale), des Tintinoïdiens (Ciliés planctoniques sécrétant une logette), des Oligotriches (qui ont perdu les cils mais acquis d'énormes membranelles, à rôle natatoire) et des Hypotriches (chez lesquels les cils sont remplacés par des cirres, puissants organites locomoteurs constitués de pinceaux de cils fusionnés). Signalons enfin les curieux Odontostomatida et les Entodiniomorpha, parasites des intestins des animaux supérieurs.
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