4. Relations phylogénétiques
De nombreux kystes siliceux de Chrysophycées se retrouvent dans le Crétacé. Les coccolithes fossiles sont abondantes dès le Trias, mais existaient peut-être déjà à l'ère primaire. Ces données paléontologiques sont insuffisantes pour retracer l'histoire évolutive des Chrysophycées. Pourtant, il faut remarquer que la cytologie et la morphologie permettent de supposer que certains champignons Phycomycètes, certains Rhizopodes et Héliozoaires, et les algues Phéophycées pourraient avoir la même origine que les Chrysophycées. De même, la grande ressemblance cytologique des Craspédomonadines et des choanocytes des éponges pourrait peut-être faire supposer que Spongiaires et Chrysophycées ont une origine commune.
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