2. Les échecs de la chouannerie organisée
La deuxième phase commence dès juin 1795, avec le débarquement de troupes d'émigrés et d'Anglais à Quiberon, sous le commandement de Puisaye et d'Hervilly, entraînant une reprise des combats. L'échec de l'opération, dû aux multiples incompréhensions dans le camp contre-révolutionnaire, ne signe pas la fin de la chouannerie. Hoche, vainqueur à Quiberon, réussit certes à obtenir une deuxième paix, mais sans empêcher l'emprise des idées contre-révolutionnaires, qui s'expriment notamment dans la constitution de municipalités dirigées de fait par des opposants à la Révolution.
Après 1797 et le retour à Paris d'une politique inspirée de principes jacobins, la chouannerie retrouve une actualité avec la reconnaissance du mouvement par l'ensemble de la Contre-Révolution. Des liaisons régulières sont établies avec l'Angleterre, pourvoyeuse d'armes et d'argent (dont de faux assignats), par laquelle transitent également de jeunes nobles avides de gloire militaire. Le gouvernement anglais voit dans la chouannerie un moyen efficace pour contrer la Révolution, alors que la Vendée n'existe plus. Un réseau de commandements est mis en place unissant tous les chefs, nobles pour l'essentiel – à l'exception notable de Cadoudal –, qui contrôlent l'Ouest du Mans à Brest, de Caen à Angers. Localement, Frotté et Rochecotte, en Normandie ou dans le Maine, détiennent un pouvoir réel sur les campagnes et sur les routes, les républicains tenant, difficilement, les villes. La preuve en est donnée durant l'automne de 1799, lorsque la chouannerie participe à l'opération contre-révolutionnaire menée sur les frontières comme à l'intérieur du pays, et qu'illustre notamment la bataille de Toulouse. Dans l'Ouest, la plupart des villes principales sont investies par des bandes qui libèrent des prisonniers, ou qui réceptionnent des armes. Mais faute d'unité – les clivages sont perceptibles entre royalistes résolument contre-révolutionnaires et modérés – et faute d'hommes – les paysans ayant perdu une partie de leurs motifs de mécontentement –, les mouvements sont battus les uns après les autres, tandis que Bonaparte entame des négociations avec les chefs modérés, ainsi qu'avec le pape, afin de rétablir la paix religieuse : la religion catholique sera considérée comme la religion « de la grande majorité des Français » par le concordat de 1801.
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