4. Affinités taxonomiques
Ce phylum très ancien, auquel on attribue (non sans réserves) un fossile datant du Primaire, à allure de Spadelle (Amiskwia sagittiformis, du Cambrien moyen de Colombe britannique), est considéré comme un des plus isolés du règne animal. Certes, les Chétognathes ont des affinités avec de nombreux embranchements, mais tous les rapprochements que l'on a tentés (même avec les Brachiopodes, Annélides et Nématodes, qui paraissent en être les plus voisins) ne résistent pas à la critique, à la lumière des recherches les plus récentes ; aussi dans les classifications modernes, les Chétognathes figurent-ils comme un groupe indépendant.
Divers travaux actuels tendent à établir la signification des variations intraspécifiques, voire les modalités de la spéciation dans le taxon, ainsi que la filiation entre les familles ou les genres, par l'emploi de techniques nouvelles (méthodes mathématiques, microscopie électronique) et l'examen rénové de caractères (tube digestif, organes photorécepteurs, dents et appareil vestibulaire) capables de conduire, au-delà du cadre taxonomique, à des vues phylogénétiques.
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