2. Les structures reproductrices et la classification générale des champignons
Indépendamment de leur rôle, gamétique ou non, on a pris l'habitude de distinguer les propagules des champignons selon qu'elles sont nues et mobiles grâce à un ou deux flagelles (zoïdes) ou au contraire munies d'une paroi et non mobiles (spores). En réalité, cette distinction n'a peut-être pas l'importance qu'on lui accorde, car il n'est pas rare que les zoïdes s'« enkystent », c'est-à-dire se transforment en spores ; en outre, pour le même stade du cycle, il peut y avoir, dans certains cas, production de zoïdes ou, dans d'autres, émission directe de spores.
Les zoïdes peuvent être munis d'un seul flagelle, soit postérieur et en forme de fouet (chytridiomycètes), soit antérieur et alors à mastigonèmes (hyphochytridiomycètes). Ces deux entités systématiques réunissent des organismes à thalles très réduits (filaments cœnocytiques qui peuvent même se réduire à une masse amiboïde nue, en particulier chez les parasites intra-cellulaires). Ce sont des champignons aquatiques ou hôtes des sols humides ; seuls, quelques-uns sont des parasites de végétaux aquatiques (algues ou saprolégniales), ou de plantes cultivées, mais leur importance économique reste mineure.
La fusion gamétique, chez les représentants de ces deux groupes, se réalise souvent entre zoïdes et les sexes sont alors indiscernables ; dans certains cas cependant (monoblépharidales), les gamètes femelles sont dépourvus de flagelles et demeurent immobiles. On a interprété l'existence d'un second blépharoplaste, chez les zoïdes uniflagellés de quelques chytridiales (fig. 2), comme une marque de l'existence passée d'un deuxième flagelle, et donc d'une affinité avec les oomycètes, biflagellés ; les flagelles des zoïdes des champignons ayant la même structure que ceux des zoïdes d'algues, ou même d'animaux, la réalité de ce lien privilégié n'est pas évidente. Toutefois, l'absence d'appareil chlorophyllien, et l'édification de mycéliums typiques, au moins chez certains de ces organismes (blastocladiales) justifient le maintien des chytridiomycètes et des hyphochytridiom […]
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