3. Relations phylogénétiques
Les Casuarinales sont des plantes à affinités incertaines que les auteurs rapprochent des Amentiflores (inflorescences en chatons, chalazogamie).
Le tissu sporogène massif et la différenciation de certaines cellules mères en trachéides sont des caractères de type cryptogamique.
Le port, les verticilles foliaires, l'alternance des faisceaux d'un entre-nœud à l'autre et la présence de deux endodermes évoquent singulièrement les prêles. Des vestiges de plantes ressemblant aux Casuarinales ont été découverts dans des terrains tertiaires en Australie et à Sumatra. D'après J. de Cordemoy, certaines Equisétales du Primaire seraient peut-être, par leur morphologie, les ancêtres lointains des Casuarinales.
D'autres traits, tels l'orientation des ovules, le développement d'un nombre relativement élevé de sacs embryonnaires, l'aspect des infructescences, l'existence d'un tissu de transfusion, font penser aux Gymnospermes et, en particulier, à certaines Gnétophytes, d'où l'hypothèse émise par Engler de l'origine gnétalienne des Angiospermes.
Actuellement, les auteurs s'accordent à considérer les Casuarinales comme un ordre particulier et autonome qu'ils placent parmi les plus archaïques des Angiospermes.
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