En systématique, on utilise le terme « caractère » dans le sens de « caractéristique », en vue de la classification des êtres vivants, pour permettre une recension de leurs particularités. Celles-ci peuvent être qualitatives (couleur des cheveux ou du plumage) ou quantitatives (dimensions du corps et de ses diverses parties). On reconnaît des particularités morphologiques (absence ou présence de menton), anatomiques (cœur à 4, 3 ou 2 cavités), physiologiques (température corporelle constante ou variable), biochimiques (réserves glycogéniques ou amylacées), biologiques (oviparité, viviparité) ou éthologiques (rythmes d'activité et de repos).
La manière selon laquelle ces particularités s'inscrivent dans le processus ontogénique permet de distinguer des caractères juvéniles, séniles ou intermédaires , mais la diagnose spécifique se fonde normalement sur les seuls caractères adultes.
Selon leur mode de transmission, héréditaire ou non, on a voulu discriminer les caractères innés qui appartiennent obligatoirement au patrimoine biologique de l'espèce (déterminisme endogène) et les caractères acquis qui ont une signification adaptative au niveau individuel (déterminisme exogène).
À ce problème — mal posé à défaut d'être un faux problème — se rattachent des débats d'idées qui ont beaucoup embrouillé les choses. Les progrès de la génétique ont démontré que tout caractère (ou groupe de caractères) était codé par un (ou plusieurs) gène(s), selon la règle fondamentale un gène ⇌ une protéine. C'est donc à partir du génome, siégeant sur les chromosomes, que la réalisation des caractères, sous forme de protéines constitutives de l'organisme, sera déterminée : formation d'un pigment (mélanine), formation d'une enzyme (G-6-PD), formation d'une molécule de structure (collagène). Par conséquent, l'organisme au cours de son autoconstruction va révéler l'information génétique qu'il détient : on dit que le phénotype (manifesté somatiquement) est l'expression du génotype (existant germinalement).
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