Le pronom neutre allemand substantivé Es, que l'on traduit par « ça », a été emprunté par Freud à Groddeck (Le Livre du ça), en lui donnant toutefois une signification différente ; alors que, pour Groddeck, le ça englobe tout (conscient, inconscient, système végétatif) et a un sens métaphysique, Freud réserve ce terme à l'instance qui, dans la seconde topique, se substitue au système inconscient de la première.
Dans Le Moi et le ça, Freud constate qu'au cours d'une cure analytique le moi produit une résistance inconsciente, destructrice, qui ne coïncide pas avec le refoulé et qui ne se réduit pas, comme celui-ci, par l'interprétation. Or, dans la première topique, l'inconscient se définit comme un lieu de représentations refoulées qui sont régies par les lois des processus primaires et s'avèrent compréhensibles lorsque l'interprétation s'appuie sur ces lois. Dès lors, le terme d'inconscient ne coïncide plus avec le refoulé et il perd toute signification précise qui tendrait à le définir comme un système ; il devient une caractéristique aux significations multiples, tandis que le ça, en plus du refoulé, contient des forces aveugles, inaccessibles à l'exploration analytique.
On peut alors dégager les principales différences entre le système inconscient et le ça. Dans l'inconscient, ce sont les représentations qui sont refoulées ; dans le ça, il n'y a que des motions pulsionnelles prêtes à se décharger. D'autre part, Freud, dont la seconde topique met en évidence les pulsions de mort, accorde un rôle prédominant, dans le ça, aux forces de destruction, alors qu'évidemment elles n'ont aucune place dans l'inconscient. On peut encore remarquer que le système préconscient-conscient était nettement séparé de l'inconscient, tandis que le ça est conçu de telle sorte que le moi en fait partie : « Je propose d'appeler moi l'entité qui a son point de départ dans le système préconscient et qui est, en premier lieu, préconscient, et je réserve la dénomination de ça à tous les autres éléments […]
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