Après la guerre civile entre Tutsi et Hutu, qui a éclaté en 1993, et les nombreuses années durant lesquelles les accords de paix ont tous été reportés, plusieurs signes encourageants apparus en 2009 laissent penser que le Burundi s'achemine bel et bien vers la stabilité. Un pacte concernant l'application de l'accord de cessez-le-feu de 2006 a été signé en décembre 2008 par le gouvernement burundais et le dernier groupe rebelle hutu en activité, les Forces nationales de libération (F.N.L.). Ce pacte est mis en place après la libération de deux cent quarante-sept prisonniers des F.N.L. par le gouvernement au début de janvier 2009 et celle de cent trente-six enfants-soldats par les F.N.L. en avril. Près de trois mille cinq cents anciens soldats des F.N.L. sont démobilisés en avril et en mai avant d'être intégrés dans les forces de l'armée et de la police nationales. Malgré les progrès réalisés dans le respect de l'accord de paix, seize mille anciens rebelles rejettent les termes de la démobilisation et plusieurs centaines d'entre eux traversent la frontière pour se réfugier en République démocratique du Congo (R.D.C.) ; ils sont alors recrutés par les Forces démocratiques de libération du Rwanda, milice hutu installée en R.D.C.
À la fin de l'année 2008, la plupart des camps de réfugiés de Tanzanie ont été fermés et, dans l'année, quelque soixante-trois mille Burundais sont rentrés chez eux. En 2009, près de trente-six mille réfugiés vivent toujours dans le dernier camp en activité, Mtabila. Le Haut-Commissariat des Nations unies pour les réfugiés estime qu'au cours des opérations de rapatriement, qui se sont étalées sur six ans, plus de quatre cent soixante-dix mille réfugiés sont rentrés au Burundi. Quelque cent soixante-cinq mille réfugiés burundais demandent par ailleurs la nationalité tanzanienne dans le cadre d'un accord spécial entre les deux États. Des progrès notables sont espérés en matière de respect des droits de l'homme – en février, le Sénat burundais adopte un projet de loi abolissant la peine de mort et rejette une proposition d'amendement qui criminaliserait l'homosexualité ; mais, si l'Assemblée nationale vote en avril en faveur de l'abolition de la peine de mort, elle force l'adoption de l'amendement qui fait de l'homosexualité un crime.
Le F.M.I. et la Banque mondiale annulent 92 p. 100 de la dette du Burundi, qui dépassait 1,4 milliard de dollars. Cette décision supprime le service de la dette, qui s'élevait à plus de 40 millions de dollars par an et devait s'étaler sur plus de vingt ans ; les fonds correspondants doivent être alloués à des programmes sociaux et de développement. En mars, le Club de Paris efface l'intégralité de la dette que le pays a contractée auprès de ses créanciers, soit un montant total de 134 millions de dollars.
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